Aceasta este aplicația Linux numită Grinder, care rulează în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca Grinder-0.5.4.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită Grinder pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
Grinder să ruleze online în Linux
Ad
DESCRIERE
Grinder este un instrument bioinformatic open-source versatil pentru a crea biblioteci de secvențe simulate de pușcă omică și amplicon pentru toate platformele principale de secvențiere.DESCRIERE
- pușcă sau amplicon (de exemplu 16S ARNr) citesc biblioteci
- suport omic pentru a genera seturi de date genomice, transcriptomice, proteomice, metagenomice, metatranscriptomice sau metaproteomice
- distribuția arbitrară a lungimii de citire și numărul de citiri
- simularea erorilor PCR și de secvențiere (himere, mutații punctuale, homopolimeri)
- suport pentru seturile de date paired-end (mate pair).
- setări specifice de rang-abundență sau abundență dată manual pentru fiecare genom, genă sau proteină
- crearea de seturi de date cu o bogăție dată (diversitate alfa)
- seturile de date aferente pot partaja un număr variabil de genomi (diversitate beta)
- modelarea părtinirii create prin variația lungimii genomului sau a numărului de copii ale genelor
- mecanism de profil pentru a stoca opțiunile preferate
- disponibilă biologilor sau utilizatorilor cu putere prin mai multe interfețe: GUI, CLI și API
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal
Limbaj de programare
Perl
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
