Aceasta este aplicația Linux numită JSiteDescriptor a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca binaries.zip. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită JSiteDescriptor cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
JSiteDescriptor
Ad
DESCRIERE
Un set de programe java care extrag coordonate și informații chimice din fișierele PDB.
Regiunile site-ului de legare sunt extrase folosind o schemă bazată pe grilă.
Pentru site-ul de legare, descriptorul spațio-chimic este generat pe baza algoritmului PocketMatch al Dr. Kalidas (de asemenea, autorul acestui proiect).
Categorii
- Generarea de descriptor de vector bazat pe PocketMatch pentru un site de legare
- Rulează în modul fișier PDB unic sau în modul Lot
- Specificarea site-ului ca vecinătate a ligandului - (codul ligandului, numele și ID-ul lanțului)
- Specificarea site-ului ca vecinătate subset PDB folosind EXPRESII REGULARE
- Specificarea mai multor game de atomi care căptușesc un site de legare
- Fișierul de procesare în modul lot captează parametrii de intrare prin fișier XML + conform specificațiilor XSD
- Configurabilitate mai mare - selecția grupului de reziduuri, rază și categorii pentru site-uri
- Tehnologia Java Swing pentru GUI
- Arhitectură software simplă și extensibilă pentru dezvoltarea viitoare
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Java Swing
Limbaj de programare
Java
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
