Aceasta este aplicația Linux numită kSNP, care rulează în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca kSNP3.1_Linux_package.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită kSNP pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
kSNP să ruleze online în Linux
Ad
DESCRIERE
kSNP identifică SNP-urile pan-genomului într-un set de secvențe de genom și estimează arborii filogenetici pe baza acelor SNP. Descoperirea SNP se bazează pe analiza k-mer și nu necesită alinierea secvenței multiple sau selectarea unui genom de referință, astfel încât kSNP poate lua 100 de genomi microbieni ca intrare. Un locus SNP este definit de un oligo de lungime k care înconjoară o alele SNP centrale. kSNP poate analiza atât genomuri complete (terminate), cât și genomuri neterminate în contig-uri asamblate sau citiri brute, neasamblate. Genomul finit și cel neterminat pot fi analizați împreună, iar kSNP poate descărca automat fișierele Genbank ale genomurilor finite și poate încorpora informațiile din acele fișiere în adnotarea SNP.Gardner, SN și Hall, BG 2013. Când alinierea întregului genom pur și simplu nu va funcționa: software-ul kSNP v2 pentru descoperirea SNP fără aliniere și filogenetica a sute de genomi microbieni. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/ksnp/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
