Aceasta este aplicația Linux numită mitoMaker a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca mitoMaker_1.0rc2.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită mitoMaker cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
mitoMaker
DESCRIERE
Mitomaker este un pipeline wrapper, un analizor de rezultate și un adnotator automat, scris în Python v2.7, care, cu ajutorul altor programe, construiește, analizează, caută cea mai bună construcție și adnotă genomurile țintă (cum ar fi mitocondriile și cloroplastul). Ar putea fi utilizat cu alte ținte, cum ar fi gene specifice sau transcriptoame, chiar dacă acesta nu este scopul principal și nici testat în detaliu.
După diferite încercări de a construi diferiți genomi mitocondriali în laboratorul pe care l-am studiat, a început să apară o conductă generală: asamblați citirile cu MIRA sau SOAPdenovo-Trans, căutați o schelă/contig care se potrivește cu o specie strâns înrudită, verificați-l pentru a vedea dacă toate sunt prezente caracteristicile genomice așteptate (deoarece mitocondriile sunt bine conservate), verificați dacă ansamblul s-ar putea fi circularizat (din moment ce este un ADN circular). Dacă o caracteristică lipsea sau nu s-a circularizat, încercați și asamblați din nou cu diferiți parametri de asamblare (în principal k-mer). Clătiți și repetați până când găsiți cea mai bună construcție.
DESCRIERE
- bioinformatica
- Conductă automată pentru clădire Plastid
- Analizor genomic
- Ansamblu plastid
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal
Limbaj de programare
Piton
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/plastidmaker/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
