Aceasta este aplicația Linux numită Pathoscope a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca pathoscope_2.0.6_clinical_pathoscope_1.0.3.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită Pathoscope cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
Patoscop
Ad
DESCRIERE
Această pagină este aici în scop de arhivă. Vă rugăm să vizitați github pentru cea mai recentă versiune a software-ului: https://github.com/pathoscopePathoScope preia citiri de secvențiere de ultimă generație dintr-un eșantion de amestec și prezice ce genomi sunt prezenți. Folosim un cadru bayesian combinat cu o aliniere inițială bazată pe referințe pentru a atribui citiri genomului corect de origine.
Patoscop 2.0:
Wiki:
http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/Home/
tutorial:
http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoscope2.0_v0.02_tutorial.pdf
Versiunea patoscopului clinic: http://sourceforge.net/p/pathoscope/wiki/clinical_pathoscope/
Descărcare PathoQC: http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
Publicații: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/33
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/262
http://genome.cshlp.org/content/23/10/1721
Suport:
PS: Vă rugăm să trimiteți un e-mail la mani2012 la bu dot edu dacă aveți întrebări.
Categorii
- PathoQC: PathoQC este un program independent de control al calității și preprocesare pentru un set de date de mare capacitate. Vă rugăm să descărcați PathoQC de la http://sourceforge.net/projects/pathoscope/files/pathoqc_v0.1.4.tar.gz/download
- Publicație PathoQC: http://la-press.com/article.php?article_id=4828
- Suport: https://groups.google.com/d/forum/pathoscope
- Pagina de laborator: http://jlab.bu.edu/software/
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/pathoscope/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
