Aceasta este aplicația Linux numită UniPyRange, care rulează în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca UniPyRangeSuite.py. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită UniPyRange pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
UniPyRange să ruleze online în Linux
DESCRIERE
Script python foarte simplu, care vă scutește de durerile de a număra aminoacizii/bazele ADN în fișierele fasta din baza de date Uniprot și NCBI RefSeq (1, 2).Să presupunem că doriți secvența de aminoacizi din intervalul 128-387 de la o proteină de 1000 de aminoacizi - acest script vă va ajuta să evitați greșelile de numărare, arătându-vă doar secvența specificată în aminoacizi și codând perechile de baze ADN (ideal pentru proiectarea primerului de amplificare). ) a unui ID Uniprot specificat.
- Necesită BioPython (3) și Pachetul Bioservices (4)
(1)
Consorțiul UniProt
UniProt: un hub pentru informații despre proteine
Acizi nucleici Res. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: o actualizare privind secvențele de referință de mamifere. Acizi nucleici Res. 2014 ian 1;42(1):D756-63.
(3)
Cock PJ și colab. Bioinformatică (2009)
(4)
Cokelaer și colab., Bioinformatică (2013)
Limbaj de programare
Piton
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/unipyrange/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
