Aceasta este aplicația Windows numită CRISPR-offinder-v1-2 a cărei cea mai recentă versiune poate fi descărcată ca CRISPR-offinder-1.2.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită CRISPR-offinder-v1-2 cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți orice emulator online OS OnWorks de pe acest site, dar mai bun emulator online Windows.
- 5. Din sistemul de operare Windows OnWorks pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația și instalați-o.
- 7. Descărcați Wine din depozitele de software ale distribuțiilor Linux. Odată instalat, puteți apoi să faceți dublu clic pe aplicație pentru a le rula cu Wine. De asemenea, puteți încerca PlayOnLinux, o interfață elegantă peste Wine, care vă va ajuta să instalați programe și jocuri populare Windows.
Wine este o modalitate de a rula software-ul Windows pe Linux, dar fără a fi necesar Windows. Wine este un strat de compatibilitate Windows open-source care poate rula programe Windows direct pe orice desktop Linux. În esență, Wine încearcă să reimplementeze suficient Windows de la zero, astfel încât să poată rula toate acele aplicații Windows fără a avea nevoie efectiv de Windows.
SCREENSHOTS
Ad
CRISPR-offinder-v1-2
DESCRIERE
Sistemul CRISPR/Cas deține, fără îndoială, un potențial mare pentru editarea genomului. Scindarea site-ului țintă prin tehnologia CRISPR necesită un motiv adiacent protospacer (PAM) imediat în aval sau în amonte de elementul protospacer de care se leagă sgRNA. Cu toate acestea, Cas9 din diferite tipuri de bacterii sau variantă recunoaște diferite secvențe PAM. Pentru a satisface nevoile diferitelor sisteme CRISPR cu un design sgRNA specific și eficient, a fost dezvoltat CRISPR-offinder.
Având în vedere un fișier FASTA de intrare al site-urilor țintă și interogând genomul de referință, precum și un sistem CRISPR cu o lungime definită a distanțierului și o secvență PAM, acest instrument autonom va identifica site-urile presupuse și va atribui o activitate prezisă pe baza modelului de mașină vectorială de suport, realizat de către sgRNA Scorer 2.0. În plus, ARNsg cu activitate minimă în afara țintă au fost prezise de Cas-OFFinder și au punctat cu determinarea frecvenței de tăiere în afara țintă (CFD).
DESCRIERE
- CRISPR-offinder poate oferi biologului de bancă un instrument pentru identificarea rapidă și eficientă a siturilor țintă de înaltă calitate
- Acest software poate fi folosit pentru a proiecta biblioteci sgRNA pentru orice specie
- Zhao et al., (2017) CRISPR-offinder: un ghid CRISPR pentru proiectarea ARN și instrument de căutare în afara țintei pentru motivul adiacent al protospacer definit de utilizator. Jurnalul Internațional de Științe Biologice
Limbaj de programare
Perl
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.