abyss-pe - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

abyss-pe - ассемблировать читает в контиги

СИНТАКСИС

бездна [ВАРИАНТ] ... [ПАРАМЕТР=VALUE] ... [MAKE_TARGET] ...

ОПИСАНИЕ

Соберите чтения входных файлов в контиги. Чтения могут быть в FASTA, FASTQ,
qseq, экспорт, формат SRA, SAM или BAM и может быть сжат с помощью gz, bz2 или xz и может быть
просмоленный.

abyss-pe - это сценарий Makefile. Также с abyss-pe можно использовать любые варианты изготовления.

параметры of бездна
имя, НАЗВАНИЕ РАБОТЫ
Имя этой сборки. Полученные строительные леса будут храниться в
$ {name} -scaffolds.fa.

in входные файлы. Используйте эту переменную при сборке данных из одной библиотеки.

Lib список в кавычках парных имен библиотек, разделенных пробелами. Используйте эту переменную
при сборке данных из нескольких парных библиотек. Для каждого имени библиотеки в
lib, пользователь должен определить переменную в командной строке с тем же именем, которая
указывает файлы для чтения для этой библиотеки. Видеть ПРИМЕРЫ ниже для бетона
пример использования.

pe список парных библиотек, которые будут использоваться только для слияния юнитов в
contigs и не будет способствовать согласованной последовательности.

mp список библиотек сопряженных пар, которые будут использоваться для строительных лесов. Библиотеки сопряженных пар
не вносят вклад в согласованную последовательность.

длинной список библиотек длинных последовательностей, которые будут использоваться для переналадки. длинная последовательность
библиотеки не вносят вклад в согласованную последовательность.

se файлы, содержащие односторонние чтения

a максимальное количество ветвей пузыря [2]

b максимальная длина пузыря (п.н.) [10000]

c минимальное среднее k-мерное покрытие единицы [SQRT(медиана)]

d допустимая погрешность оценки расстояния (bp) [6]

e минимальное эрозионное покрытие k-mer [SQRT(медиана)]

E минимальное покрытие эрозией k-mer на прядь [1]

j количество потоков [2]

k размер k-мер (когда K не установлен) или промежуток пары k-mer (когда K установлен)

K размер одного к-мера в паре к-мер (п.н.)

l минимальная длина выравнивания чтения (bp) [k]

m минимальное перекрытие двух единиц (п.н.) [30]

n минимальное количество пар, необходимое для построения контигов [10]

N минимальное количество пар, необходимое для строительства строительных лесов [n]

p минимальная идентичность последовательности пузыря [0.9]

q минимальное качество основы при обрезке [3]
Обрезать базы с концов чтений, качество которых меньше q.

Q минимальное базовое качество [0]
Замаскируйте все базы чтений, качество которых меньше Q, как `N '.

s минимальный размер блока, необходимый для построения контигов (bp) [200]
Длина посевного материала должна быть как минимум в два раза больше значения k. Если больше последовательности
собранный больше ожидаемого размера генома, попробуйте увеличить s.

S минимальный размер контига, необходимый для строительства строительных лесов (bp) [s]

SS SS = - SS для сборки в режиме, специфичном для пряди
Требуется, чтобы все библиотеки были библиотеками RNA-Seq, специфичными для цепей. Предполагает, что
первое считывание в паре считывания - это почитаемый WRT секвенирование транскриптов.

t минимальный размер наконечника (bp) [2k]

v v = -v, чтобы включить подробное ведение журнала

np, НСЛОТЫ
количество процессов сборки MPI

мпирун путь к mpirun

выравнивать
Программа, используемая для выравнивания чтения по контигам [map].
Допустимые значения: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Увидеть
ДИДА раздел ниже для получения дополнительной информации о параметре dida.

cs преобразовать контиги цветового пространства в контиги нуклеотидов после сборки

Опции of сделать
-n, --прогон, репетиция
Выведите команды, которые будут выполнены, но не выполняйте их.

MAKE цели для бездна
по умолчанию
Эквивалентно scaffolds scaffolds-dot stats.

юниты
Соберите юнитиги.

единица
Выведите единичный график перекрытия.

Pe-Sam Сопоставьте чтение парного конца с unitigs и выведите файл SAM. Файл SAM будет только
содержат отображение чтения на разные контиги, а также идентификатор чтения, последовательность и качество
строки будут заменены символами '*'.

пэ-бам Сопоставьте чтение парного конца с unitigs и выведите файл BAM. BAM файл будет только
содержат отображение чтения на разные контиги, а также идентификатор чтения, последовательность и качество
строки будут заменены символами '*'.

пе-индекс
Сгенерируйте индекс единиц, используемых abyss-map.

контигов
Соберите контиги.

контиг-точка
Выведите граф перекрытия контигов.

МП-Сэм Сопоставление сопряженной пары считывает контиги и выводит файл SAM. Файл SAM будет только
содержат отображение чтения на разные контиги, а также идентификатор чтения, последовательность и качество
строки будут заменены символами '*'.

мп-бац Сопоставление сопряженной пары считывает контиги и выводит файл BAM. BAM файл будет только
содержат отображение чтения на разные контиги, а также идентификатор чтения, последовательность и качество
строки будут заменены символами '*'.

mp-индекс
Сгенерируйте индекс контигов, используемых abyss-map.

строительные леса
Соберите подмости.

леса-точечные
Выведите график перекрытия каркасов.

скафтиги
Разбейте скаффолды и создайте файл AGP.

длинные леса
Перекаффолд с использованием контигов, собранных с помощью RNA-Seq.

длинные леса-точки
Выведите график перекрытия каркаса РНК.

Статистика Отобразить статистику смежности сборок.

чистым Удалите промежуточные файлы.

версия
Вывести версию abyss-pe.

версии
Показать версии всех программ, используемых abyss-pe.

помощь Показать полезное сообщение.

ДИДА

ABySS поддерживает использование DIDA (Dispatched Alignment с распределенным индексированием), основанного на MPI.
структура выравнивания для вычисления выравнивания последовательностей на нескольких машинах. Использовать
DIDA с ABySS, сначала загрузите и установите DIDA из
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, затем укажите dida в качестве значения
что собой представляет выравнивать параметр бездна.

Связанные с DIDA бездна параметры
DIDA_MPIRUN
Команда mpirun используется для запуска заданий DIDA.

DIDA_RUN_OPTIONS
Параметры времени выполнения, такие как количество потоков на ранг MPI и значения для среды
переменные (например, PATH, LD_LIBRARY_PATH). Запустите `abyss-dida --help`, чтобы получить список
Доступные Варианты.

DIDA_OPTIONS
Параметры, которые передаются непосредственно в двоичный файл DIDA. Например, это можно использовать
для управления порогом минимальной длины выравнивания. Запустите `dida-wrapper --help` для
список доступных опций.

MPI СОВМЕСТИМОСТЬ
Из-за использования многопоточности DIDA знает проблемы с взаимоблокировкой в ​​OpenMPI. С использованием
Библиотека MPICH MPI настоятельно рекомендуется при запуске сборок с DIDA. Тестирование
было сделано с MPICH 3.1.3, скомпилировано с --enable-thread = funneled.

ПРИМЕР
Рекомендуемая конфигурация среды выполнения для DIDA - 1 ранг MPI на машину и 1 поток на
Ядро процессора. Например, чтобы запустить сборку на 3 узлах кластера по 12 ядер в каждом, выполните:

abyss-pe k = 64 name = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa' aligner = dida
DIDA_RUN_OPTIONS = '- j12' DIDA_MPIRUN = 'mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

В этом примере используются параметры командной строки MPICH для mpirun. Здесь `-np 3` указывает
количество рангов MPI, "-ppn 1" указывает количество рангов MPI на "узел", и
`-bind-to board` определяет« узел »как материнскую плату (то есть полную машину).

ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА ПЕРЕМЕННЫЕ

Любой параметр, который может быть указан в командной строке, также может быть указан в
переменная среды.

PATH должен содержать каталог, в котором установлены исполняемые файлы ABySS. Используйте `abyss-
pe versions`, чтобы проверить правильность настройки PATH.

TMPDIR указывает каталог для использования для временных файлов

Планировщик интеграции.
ABySS хорошо интегрируется с планировщиками заданий кластера, такими как:
* SGE (движок солнечной сети)
* Портативная система дозирования (PBS)
* Средство распределения нагрузки (LSF)
* IBM LoadLeveler

Переменные среды SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID и NSLOTS могут использоваться для указания
имя параметров, k и np, соответственно, и аналогично для других планировщиков.

ПРИМЕРЫ

один парный конец библиотека
abyss-pe k = 64 name = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa'

множественный парный конец библиотеки
abyss-pe k = 64 имя = ecoli lib = 'lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se = 'se1.fa se2.fa'

Парный конец и пара библиотеки
abyss-pe k = 64 name = ecoli lib = 'pe1 pe2' mp = 'mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se = 'se1.fa se2.fa'

В том числе Секвенирование РНК сборки
abyss-pe k = 64 name = ecoli lib = pe1 mp = mp1 long = long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1 = long1.fa

MPI
abyss-pe np = 8 k = 64 name = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n = 10 in = 'reads1.fa reads2.fa'

Используйте abyss-pe онлайн с помощью сервисов onworks.net