Это команда anfo, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
anfo - найти лучшее выравнивание коротких чтений в базе данных
СИНТАКСИС
анфо [ вариант | файл ... ]
ОПИСАНИЕ
анфо выравнивает (короткое) чтение секвенирования с базой данных (размером с гигабазу). Он использует эвристический
метод посева, но затем применяется настоящий выравниватель, который допускает зазоры, распознает повреждения
паттерны в древней ДНК и дают легко интерпретируемую партитуру.
Входные файлы могут быть любым набором файлов FastA или FastQ или собственными файлами. анфо бинарный файл,
оптически сжатый с использованием GZIPorbzip2. Формат файла распознается автоматически и
могут быть добавлены другие форматы.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-V, --версия
Распечатать номер версии и выйти.
-o файл, --output файл
Записать вывод в файл. файл будет написано в родном анфо двоичный формат, который
может работать при использовании анфо-инструмент или привязки к коварство.
-c файл конфигурации, --config файл конфигурации
Прочитать конфигурацию из Conffile. Этот файл настраивает, какие индексы используются, и
по каким геномам производится выравнивание, какие параметры использовать в
выравниватель и может устанавливать пути. См. Пример файла.
-p число, - число потоков
Начните Num резьбы для выравнивания. Один такой поток на ядро процессора обычно
лучше.
-x число, --ixthreads число
Начните Num потоки для индексации. Индексирование обычно использует меньше ресурсов процессора, чем
выравнивание, поэтому обычно лучше использовать меньшее количество индексаторов, чем выравнивателей.
- солекса-шкала
При чтении файлов FastQ используйте шкалу Solexa (log-odds-ratios) вместо
стандартная шкала Phread (вероятности). Если вы используете секвенсоры Solexa / Illumina,
обратитесь к документации, если вам это нужно. Иначе вы этого не сделаете.
--fastq-origin ори
Установите исходную точку для декодирования FastQ на или. Стандарт и по умолчанию - 33, но он должен
должен быть установлен на 64 для некоторых версий программного обеспечения Solexa / Illumina. Если вы используете
Секвенсоры Solexa / Illumina, обратитесь к документации, если вам это нужно.
Иначе вы этого не сделаете.
-к, --тишина
Подавить весь вывод, кроме фатальных ошибок.
-v, --подробный
Распечатайте индикатор выполнения во время работы.
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА
ANFO_PATH
Разделенный двоеточием список каталогов, в которых производится поиск файлов генома и индексных файлов.
Используйте anfo в Интернете с помощью сервисов onworks.net
