Это команда autodock4, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
автодок - стыковка химических лигандов к белковым рецепторам
СИНТАКСИС
автодок4 [кредита]
ОПИСАНИЕ
AutoDock выполняет автоматическую стыковку химических соединений с белками, т. Е. Предсказывает
как небольшие молекулы, такие как субстраты или кандидаты в лекарства, связываются с рецептором известного 3D
структуры.
AutoDockSuite состоит из двух основных программ, из которых AutoDock выполняет стыковку
лиганд к набору сеток, описывающих целевой белок, и AutoGrid предварительно вычисляет
эти сетки.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-p имя_файла_параметра
-l имя_файла_журнала
-o Используйте старый формат PDBQ, зарядите q в столбцах 55-61.
-k Сохраните исходные номера остатков
-i Игнорировать проверку заголовка
-t Проанализируйте файл PDBQ, чтобы проверить скручивание, затем остановитесь.
-c < command_file Командный режим, по файлам
-c | control_program Командный режим, по control_program
ПРИМЕР
В Debian каталог / usr / share / doc / autodock предлагает примеры для запуска. Измените на это
каталог и распакуйте (как root) сжатые файлы карт, затем запустите AutoDock, как показано
ниже:
gunzip * .map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
Интерпретации результатов помогает пакет AutoDockTools. Пожалуйста, также проверьте
обучающие программы, предлагаемые в Интернете.
Используйте autodock4 онлайн с помощью сервисов onworks.net
