Это команда autodocktools, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
adt - AutoDockTools, графический интерфейс для AutoDock
СИНТАКСИС
запуститьAdt [кредита]
ОПИСАНИЕ
Эта страница руководства является почти дословным переводом вывода, предоставленного запуститьAdt -h
команда.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Сводка опций приведена ниже. Полное описание см. В
учебные пособия и документация, доступные в Интернете.
-час, --Помогите
Показать сводку опций.
-a or --опять таки
воспроизвести файл lastlog
--overwriteLog
перезаписать файл журнала
--uniqueLog
создать файл журнала с уникальным именем
--нолог
выключить ведение журнала
--noSplash
выключить заставку
--умереть не запускать цикл событий графического интерфейса пользователя
- настройщик файл
запустить указанный пользователем файл
--lib имя пакета
добавить библиотеки команд
-v r, --зрение пробег
запускать сети Vision в командной строке
-v o, --зрение консолидировать
запустить сети видения и выйти из ADT
-d or --dmode Режимы
указать режим отображения
режимы могут быть любой комбинацией режимов отображения
'cpk': cpk
'lines': строки
'ss': лента вторичной структуры
'sb': клюшки и мячи
'lic': солодка
'ms': молекулярная поверхность
'ca': трассировка C-альфа
'bt': трассировка магистрали
'sp': CA-сплайн
'sssb': вторичная структура для белков, палочек и шариков для
другие остатки с линиями связей для других остатков без связей
-c or --cmode Режимы
укажите цветовую схему режима отображения:
'ca': цвет по атому
'cr': окраска по остатку (схема РАСМОЛ)
cc: цвет по цепочке
'см': цвет по молекуле
'cdg': раскрасьте по схеме Дэвида Гудселла
'cs': остатки цвета с использованием схемы Shapely
'css': цвет по элементу вторичной структуры
Пример:
отображать белок в виде ленты, небелковые - в виде палочек и шариков и цвет по типу атома
adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb
Используйте autodocktools онлайн с помощью сервисов onworks.net
