Это команда bamtools, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bamtools - набор инструментов для работы с файлами BAM (выравнивание генома)
СИНТАКСИС
Бамтулс [--help] КОМАНДА [ARGS]
ОПИСАНИЕ
BamTools облегчает анализ исследований и управление данными с помощью файлов BAM. Он справляется с
огромное количество данных, производимых современными технологиями секвенирования, которые обычно
хранятся в сжатых двоичных форматах, которые не могут быть легко обработаны текстовыми синтаксическими анализаторами.
обычно используется в биоинформатических исследованиях.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
конвертировать
Преобразование между BAM и рядом других форматов
count Печатает количество выравниваний в файле (ах) BAM
охват
Распечатывает статистику покрытия из входного файла BAM
filter Фильтрует файл (ы) BAM по заданным пользователем критериям
header Печатает информацию заголовка BAM
index Создает индекс для файла BAM
объединить Объединить несколько файлов BAM в один файл
random Выберите случайные выравнивания из существующих файлов BAM, предназначенные больше для тестирования
инструмент.
решение
Разрешает считывание парного конца (помечая флаг IsProperPair по мере необходимости)
revert Удаляет повторяющиеся отметки и восстанавливает исходные базовые качества
sort Сортирует файл BAM по некоторым критериям
split Разделяет файл BAM на указанное пользователем свойство, создавая новый выходной файл BAM для
каждое найденное значение
stats Печатает некоторую базовую статистику из входных файлов BAM.
См. «Bamtools help COMMAND» для получения дополнительной информации о конкретной команде.
Используйте bamtools в Интернете с помощью сервисов onworks.net
