Это команда belvu, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
belvu - просмотр нескольких выравниваний в красивых цветах.
СИНТАКСИС
белву [варианты] | - [X варианты]
| - = файл выравнивания или труба.
ОПИСАНИЕ
Belvu представляет множественные выравнивания последовательностей в красочном, биологически интерпретируемом
манера.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-c Таблица сохранения печати.
-l Загрузите файл с цветовым кодом.
-L Загрузите файл цветового кода разметки.
-m Прочитать файл с совпадающими сегментами последовательности.
-r Считайте выравнивание в «сыром» формате (последовательность имен).
-R Не разбирайте координаты при чтении выравнивания.
-o Запишите выравнивание или дерево в стандартный вывод в этом формате и выйдите.
Допустимые форматы: MSF, Mul (Стокгольм), Selex,
FastaAlign, Fasta, дерево.
-n Сделать неизбыточным % identity при запуске.
-Q Удалите столбцы с большим пробелом, чем .
-q Удалите последовательности с более ошибками, чем .
-P Удалите частичные последовательности при запуске.
-C Не записывать координаты в сохраненный файл.
-z
Символ-разделитель между именем и координатами в сохраненном файле.
-a Отображение аннотаций выравнивания на экране (только в Стокгольмском формате).
-p Выведите вероятности случайной модели для HMMER.
(По всем остаткам.)
-S
Отсортируйте последовательности в этом порядке.
a -> по алфавиту o -> организмом Swissprot, по алфавиту s -> по счету n ->
по дереву соединения соседей u -> по дереву UPGMA S -> по подобию первой последовательности i
-> по идентичности первой последовательности
-s
Читайте в файле с оценками.
-T Запускаем дерево, рассчитанное по методу:
n -> Присоединение к соседу u -> UPGMA N -> Присоединение к соседу, показывать только дерево U -> UPGMA,
показывать только дерево c -> Не раскрашивать дерево по организму o -> Не отображать последовательность
координаты в дереве s -> Использовать поправку расстояния Storm & Sonnhammer r -> Использовать
нескорректированные расстояния
-b <#>
Распечатайте # загруженных деревьев и выйдите
(Отрицательное значение -> отображать деревья начальной загрузки на экране)
-O
Прочтите информацию об организме после этой метки (ОС по умолчанию)
-t
Установить заголовок окна.
-g Нарисуйте линию сетки (для отладки).
-u Запускаем с неокрашенным выравниванием (быстрее).
-h Покажи эту справку.
-v Показать информацию о версии.
Некоторые варианты X: -acefont Основной шрифт. -шрифт Шрифт меню.
Используйте belvu онлайн с помощью сервисов onworks.net
