Это команда bowtie-debug, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Bowtie - сверхбыстрый выравниватель короткого считывания с эффективным использованием памяти
ОПИСАНИЕ
Использование: галстук-бабочка [параметры] * {-1 -2 | - 12 | } [ ]
Список файлов, разделенных запятыми, содержащих сопряжения восходящего потока (или последовательности
сами, если -c установлен) в паре с товарищами в
Список файлов, разделенных запятыми, содержащих сопряжения ниже по потоку (или последовательности
сами если -c установлен) в паре с товарищами в
Разделенный запятыми список файлов, содержащих чтения в стиле арбалета. Может быть смесью
парные и непарные. Укажите «-» для стандартного ввода.
Разделенный запятыми список файлов, содержащих непарные чтения, или последовательности
сами, если -c установлен. Укажите «-» для стандартного ввода.
Файл для записи обращений (по умолчанию: stdout)
Входной сигнал:
-q входные файлы запроса - FASTQ .fq / .fastq (по умолчанию)
-f файлы ввода запроса (мульти) FASTA .fa / .mfa
-r входные файлы запросов являются необработанными, по одной последовательности на строку
-c последовательности запросов, указанные в строке cmd (как , )
-C чтения и индекс находятся в цветовом пространстве
-Q/ - квалл
Файл (ы) QV, соответствующий входным данным CSFASTA; использовать с -f -C
--Q1/ - 2 квартал
так же, как -Q, но для файлов сопряжения 1 и 2 соответственно
-s/--пропускать
пропустить первый читает / пары во вводе
-u/ - qupto
остановись после первого чтения / пары (кроме пропущенных чтений)
-5/ - trim5
отделка базы с 5 '(левого) конца чтения
-3/ - trim3
отделка базы с 3 '(правого) конца чтения
--phred33-quals
входные числа - Phred + 33 (по умолчанию)
--phred64-quals
входные числа - Phred + 64 (то же, что и --solexa1.3-квал)
--solexa-quals
входные значения взяты из GA Pipeline ver. <1.3
--solexa1.3-кв.
входные значения взяты из GA Pipeline ver. > = 1.3
--integer-quals
качества даны как целые числа, разделенные пробелами (не ASCII)
--большой индекс
принудительное использование "большого" индекса, даже если присутствует маленький
Выравнивание:
-v
сообщать о сквозных совпадениях с <= v несоответствиями; игнорировать качества
or
-n/ - seedmms максимальное количество несовпадений в семени (может быть от 0 до 3, по умолчанию: -n 2)
-e/ - maqerr
максимальная сумма несовпадений по выравниванию для -n (по умолчанию: 70)
-l/ - сеянцы длина семян для -n (по умолчанию: 28)
--nomaqround
отключить округление качества, подобное Maq, для -n (ближайшие 10 <= 30)
-I/ - минины
минимальный размер вставки для выравнивания парных концов (по умолчанию: 0)
-X/ - максины
максимальный размер вставки для выравнивания парных концов (по умолчанию: 250)
--пт/ - рф / - фф -1, -2 сопряжения выравнивают fw / rev, rev / fw, fw / fw (по умолчанию: --пт)
--nofw/ - норк
не выравнивать по ссылочной цепи прямого / обратного комплемента
--maxbts
макс # возврат для -n 2/3 (по умолчанию: 125, 800 для --Лучший)
- пары
max # пытается найти пару для попадания якоря (по умолчанию: 100)
-y/--сильно стараться
старайтесь найти действительные выравнивания за счет скорости
--chunkmbs
макс. мегабайты ОЗУ для первых поисковых кадров (по умолчанию: 64)
Отчетность:
-k
сообщить до хороших выравниваний на чтение (по умолчанию: 1)
-a/--все
сообщать обо всех выравниваниях за чтение (намного медленнее, чем низкое -k)
-m
подавить все выравнивания, если> существует (по умолчанию: без ограничений)
-M
" У аборигенов -m, но сообщает об 1 случайном попадании (MAPQ = 0); требует --Лучший
--Лучший попадания гарантированно лучшей страты; узы, разорванные по качеству
- страты
попадания в субоптимальные слои не сообщаются (требуется --Лучший)
Вывод:
-t/--время
распечатать время на настенных часах, затраченное на этапы поиска
-B/ - вне базы крайнее левое смещение ссылки = при выводе галстука-бабочки (по умолчанию: 0)
--тихий
не печатать ничего, кроме выравнивания
--refout
записывать выравнивания в файлы refXXXXX.map, по 1 карте на ссылку
--refix
см. исх. seqs по индексу, отсчитываемому от 0, а не по имени
--al
запись выровненных чтений / пар в файл (ы)
--ООН
записывать невыровненные чтения / пары в файл (ы)
--Максимум
запись чтения / пары поверх -m ограничение на файл (ы)
- подавить
подавляет заданные столбцы (разделенные запятыми) в выводе по умолчанию
--fullref
написать полное имя ссылки (по умолчанию: только до 1-го пробела)
Цветовое пространство:
--snphred
Штраф Phred для SNP при декодировании цветового пространства (по умолчанию: 30)
or
--snpfrac
ок. доля оснований SNP (например, 0.001); наборы --snphred
--col-cseq
печатать выровненные последовательности цветового пространства как цвета, а не декодированные основы
--col-cqual
печатать исходные quals пространства цветов, а не декодированные quals
--количество
сохранять нуклеотиды на крайних концах расшифрованного выравнивания
СЭМ:
-S/--Сэм
писать хиты в формате SAM
--mapq
качество сопоставления по умолчанию (MAPQ) для печати для выравнивания SAM
--сам-безголовый
подавить строки заголовков (начинающиеся с @) для вывода SAM
--sam-nosq
подавить строки заголовка @SQ для вывода SAM
--sam-RG
Добавить (обычно "lab = value") в строку @RG заголовка SAM
Производительность:
-o/ - офрейт переопределить скорость индекса; должно быть> = скорости индекса
-p/--потоки количество запускаемых потоков выравнивания (по умолчанию: 1)
--мм использовать ввод-вывод с отображением памяти для индекса; многие бабочки могут поделиться
--шмем
использовать общую память для индекса; многие бабочки могут поделиться
Дополнительно :
--семя
начальное число для генератора случайных чисел
--подробный
подробный вывод (для отладки)
--версия
распечатать информацию о версии и выйти
-h/--помощь
распечатать это сообщение об использовании
64-битный Построен lgw01-11 Чт, 26 ноября, 11:11:48 UTC 2015 Компилятор: версия gcc 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Параметры: -O3 -Wl, - hash-style = оба -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-протектор-сильный -Wформат -Ошибка=формат-безопасность -g -O2 -fstack-протектор-сильный
-Wформат -Ошибка=формат-безопасность -Wl, -Bсимволические-функции -Wl, -z, relro Sizeof {int, long,
long long, void *, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Используйте bowtie-debug онлайн с помощью сервисов onworks.net
