bowtie2-align-s - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

bowtie2-align-s - сверхбыстрый и эффективный с точки зрения памяти серверный инструмент для согласования секвенирования
читает в длинные ссылочные последовательности

ОПИСАНИЕ

Bowtie 2, версия 2.2.6, автор Ben Langmead ([электронная почта защищена], www.cs.jhu.edu/~langmea)

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ

bowtie2-align [параметры] * -x {-2 -2 | -U } [-S ]


Префикс имени файла индекса (минус завершающий .X.bt2). ПРИМЕЧАНИЕ: индексы Bowtie 1 и Bowtie 2.
не совместимы.

Файлы с сопряжениями №1 в паре с файлами в .

Файлы с сопряжениями №2 в паре с файлами в .

Файлы с непарными чтениями.

Файл для вывода SAM (по умолчанию: stdout)

, , могут быть списками, разделенными запятыми (без пробелов), и могут быть указаны
много раз. Например '-U file1.fq, file2.fq -U file3.fq '.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ (по умолчанию in скобки)

Входной сигнал:
-q входные файлы запроса - FASTQ .fq / .fastq (по умолчанию)

--qseq файлы ввода запроса находятся в формате qseq компании Illumina.

-f файлы ввода запроса (мульти) FASTA .fa / .mfa

-r входные файлы запросов являются необработанными, по одной последовательности на строку

-c , , сами последовательности, а не файлы

-s/--пропускать
пропустить первый читает / пары на входе (нет)

-u/--вплоть до
остановись после первого чтения / пары (без ограничений)

-5/ - trim5
отделка основания из 5 '/ левого конца читает (0)

-3/ - trim3
отделка основания из 3 '/ правый конец чтения (0)

--phred33
качества Phred + 33 (по умолчанию)

--phred64
качества Phred + 64

--int-quals
качества, закодированные как целые числа, разделенные пробелами

Предварительные настройки:
Такой же как:

Что касается --концы с концами:

--очень быстро -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--быстро -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 0,2.50

--чувствительный -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.15 (по умолчанию)

--очень чувствительный -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Что касается --местный:

--очень быстрый местный -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i S, 1,2.00

--быстрый местный -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i S, 1,1.75

- чувствительный-местный -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.75 (по умолчанию)

- очень чувствительный-местный -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i S, 1,0.50

Выравнивание:
-N
max # несовпадений в выравнивании семян; может быть 0 или 1 (0)

-L
длина исходных подстрок; должно быть> 3, <32 (22)

-i
интервал между исходными подстроками w / r / t read len (S, 1,1.15)

--n-ячейка
func для максимального количества разрешенных не-A / C / G / Ts в aln (L, 0,0.15)

--dpad
включают дополнительные ссылочные символы по бокам таблицы DP (15)

--gbar
не допускать пробелов внутри ядра крайностей чтения (4)

--ignore-quals
рассматривать все значения качества как 30 по шкале Phred (выкл.)

--nofw не выравнивать прямую (исходную) версию чтения (выкл.)

--норк не выравнивать версию чтения с обратным дополнением (выкл.)

- нет-1мм-аванс
не допускайте совмещения 1 несоответствия перед попыткой сканирования для оптимального засева
выравнивание

--концы с концами
все прочитанное должно быть выровнено; без обрезки (вкл.)

OR

--местный
местное выравнивание; концы могут быть мягко обрезаны (выкл.)

Подсчет очков:
--ма
бонус матча (0 для --концы с концами2 для --местный)

--mp
максимальный штраф за несоответствие; более низкий квалификатор = более низкий штраф (6)

--np
штраф за не-A / C / G / Ts в прочтении / исх. (1)

--rdg ,
читать пробел открыт, продлить штрафы (5,3)

--rfg ,
эталонный пробел открыт, продлить штрафы (5,3)

- оценка-мин минимальная приемлемая оценка выравнивания с длиной считывания
(G, 20,8 для локального, L, -0.6, -0.6 для сквозного)

Отчетность:
(По умолчанию)
ищите несколько выравниваний, сообщайте лучше с помощью MAPQ

OR

-k
сообщить до alns за чтение; MAPQ не имеет смысла

OR

-a/--все
сообщать обо всех выравниваниях; очень медленно, MAPQ не имеет смысла

Усилие:
-D
отказаться от продления после неудачно расширяется подряд (15)

-R
для чтения с повторяющимися семенами попробуйте наборы семян (2)

Парный конец:

-I/ - минины
минимальная длина фрагмента (0)

-X/ - максины
максимальная длина фрагмента (500)

--пт/ - рф / - фф -1, -2 товарищи выровняйте fw / rev, rev / fw, fw / fw (--пт)

--безмешанный
подавлять непарные выравнивания для парных чтений

- не несогласный
подавить несогласованное выравнивание для парных чтений

- без ласточкин хвост
несовместимы, когда товарищи проходят мимо друг друга

--не-содержать
несогласован, когда один совмещенный выравнивание содержит другое

- без перекрытия
несовместимы, когда товарищи вообще пересекаются

Вывод:
-t/--время
распечатать время на настенных часах, затраченное на этапы поиска

--тихий
ничего не печатать в stderr, кроме серьезных ошибок

--met-файл
отправить показатели в файл по адресу (выключенный)

--met-stderr
отправлять метрики в stderr (выкл.)

--встретились
сообщать о внутренних счетчиках и показателях каждые секунды (1)

--но-унал
подавить записи SAM для невыровненного чтения

- без головы
подавить строки заголовков, то есть строки, начинающиеся с @

--no-sq
подавить строки заголовка @SQ

--rg-id
установить идентификатор группы чтения, отраженный в строке @RG и поле RG: Z: opt

--rg
Добавить ("lab: value") в строку @RG заголовка SAM. Примечание: печатается только строка @RG
когда --rg-id установлен.

--omit-sec-seq
поместите '*' в поля SEQ и QUAL для вторичного выравнивания.

Производительность:
-p/--потоки количество запускаемых потоков выравнивания (1)

--Изменение порядка
заставить порядок вывода SAM соответствовать порядку чтения ввода

--мм использовать ввод-вывод с отображением памяти для индекса; многие бабочки могут поделиться

Дополнительно :
--qc-фильтр
отфильтровать считывания, которые являются плохими в соответствии с фильтром QSEQ

--семя
начальное число для генератора случайных чисел (0)

- недетерминированный семена ранд. ген. произвольно вместо использования атрибутов чтения

--версия
распечатать информацию о версии и выйти

-h/--помощь
распечатать это сообщение об использовании

Используйте bowtie2-align-s в Интернете с помощью сервисов onworks.net