Это команда bp_indexp, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bp_index.pl - индексирует файлы для использования bp_fetch.pl
СИНТАКСИС
bp_index.pl имя_индекса file1 file2 и т. д.
ОПИСАНИЕ
bp_index.pl создает индекс bioperl для файлов последовательности, указанных в списке аргументов,
под названием индекса. Например
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
построит индекс с именем 'nrdb' в качестве имени индекса для файла nrdb.fasta, и
bp_index.pl -fmt EMBL швейцарский /data/swiss/*.dat
построит индекс под названием swiss для всех файлов в / data / swiss, оканчивающихся на .dat,
находятся в формате EMBL.
Индексы построены с использованием модулей Bio / Index / *, в частности, Bio :: Index :: EMBL и
модули Bio :: Index :: Fasta. Любой сценарий, использующий эти модули, может использовать index. А
Хорошим примером сценария является bp_fetch, который выбирает последовательности и передает их в STDOUT, для
пример
bp_fetch швейцарский: ROA1_HUMAN
получает последовательность ROA1_HUMAN из швейцарского индекса и записывает ее в формате fasta в STDOUT.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-fmt - Fasta (по умолчанию), swiss или EMBL
-dir - каталог, в котором находятся индексные файлы
(переопределяет переменную среды BIOPERL_INDEX)
Варианты для экспертного использования
-тип - Тип DBM_file.
(переопределяет переменную среды BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - сообщать о каждом добавлении индекса (отладка)
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА
bp_index и bp_fetch координируют расположение баз данных с помощью переменной enviroment
BIOPERL_INDEX. Это можно изменить с помощью опции -dir. Нет значения по умолчанию, поэтому
вы должны использовать опцию -dir или установить BIOPERL_INDEX.
Тип БД согласован с BIOPERL_INDEX_TYPE, который, если его нет, по умолчанию
независимо от того, какие модули bioperl установлены, по умолчанию это SDBM_File.
С ПОМОЩЬЮ IT САМ
bp_index.pl - это сценарий, который управляет модулями индекса. Если вы хотите использовать этот скрипт
в вашей работе, если он основан на Perl, почти наверняка лучше взглянуть на
код в этом скрипте и скопируйте его (вероятно, вы, скорее всего, захотите использовать
код bp_fetch).
РАСШИРЕНИЕ IT
bp_index - это просто оболочка вокруг превосходных модулей индекса Джеймса Гилберта, которые можно найти в bioperl.
СВЯЗЬ
Рассылка Списки
Отзывы пользователей - неотъемлемая часть развития этого и других модулей Bioperl. послать
Ваши комментарии и предложения желательно направлять в список рассылки Bioperl. Ваше участие
очень ценится.
[электронная почта защищена] - Обсуждение
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - О списках рассылки
Reporting ошибки
Сообщайте об ошибках в систему отслеживания ошибок Bioperl, чтобы мы могли отслеживать ошибки и их
разрешающая способность. Отчеты об ошибках можно отправлять через Интернет:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
АВТОР - Ewan Бирни
Юэн Бирни[электронная почта защищена]>
Используйте bp_indexp в Интернете с помощью сервисов onworks.net
