Это команда bp_sreformatp, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bpsreformat - конвертировать форматы последовательностей
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт использует систему SeqIO, которая позволяет преобразовывать форматы последовательностей либо
данные последовательности или данные множественного выравнивания последовательностей. Название происходит от того, что Шон
Программа Эдди sreformat (часть пакета HMMER) уже делает это. Программа Шона пытается
чтобы угадать форматы ввода, пока в нашем коде мы требуем, чтобы вы указали, какие
входные и выходные форматы, и если данные получены из множественного выравнивания последовательностей или из
файлы прямой последовательности.
Применение:
bpsreformat -if ИНФОРМАТ -of OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
-h / - help Распечатать эту справку
-if / - informat Указать формат ввода
-of / - outformat Указать выходной формат
-i / - input Указать имя входного файла
(для передачи данных в STDIN используйте знак минус в качестве имени файла)
-o / - output Указать имя выходного файла
(для передачи данных в STDOUT используйте знак минус в качестве имени файла)
--msa Укажите, что это данные о множественном выравнивании последовательностей.
--special Передаст специальные параметры в AlignIO / SeqIO
объект - большинство из них для объектов Bio :: AlignIO
Список следующих разделов запятыми
nointerleaved - для формата phylip, без чередования
idlinebreak - для phylip, делает формат molphy
проценты - для clustalw показывать% id в строке
Используйте bp_sreformatp в Интернете с помощью сервисов onworks.net
