Это команда cd-hit-para, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
cd-hit-para.pl - разделить большое задание кластеризации на части для выполнения заданий cd-hit или cd-hit-est
СИНТАКСИС
cd-hit-para.pl кредита
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт разделяет большое задание кластеризации на части и отправляет задания удаленному
компьютеры в сети, чтобы сделать его параллельным. После завершения всех работ
скрипт объединяет результаты кластеризации, как если бы вы просто запустили один CD-Hit или
cd-хит-эст.
Вы также можете использовать его для разделения больших заданий на одном компьютере, если ваш компьютер
не хватает оперативной памяти (с -L опция).
Обязательные условия:
1 При запуске этого сценария по сети каталог, в котором вы
запустите сценарии, и входные файлы должны быть доступны на всех удаленных хостах с
идентичный путь.
2 Если вы выберете "ssh" для отправки вакансий, вам потребуется
ssh без пароля на любой удаленный хост, см. руководство по ssh, чтобы узнать, как настроить
SSH без пароля.
3 Предлагаю использовать систему очередей вместо ssh,
В настоящее время я поддерживаю PBS и SGE
4 CD-хит CD-Хит-2d CD-Хит-EST CD-Хит-EST-2D
cd-hit-div cd-hit-div.pl должен находиться в том же каталоге, где находится этот скрипт.
Варианты
-i введите имя файла в формате fasta, обязательно
-o имя выходного файла, обязательно
--П программа, "cd-hit" или "cd-hit-est", по умолчанию "cd-hit"
--Б имя файла списка хостов,
требуется, если -Q or -L опция поставляется
--Л количество процессоров на локальном компьютере, по умолчанию 0
когда вы не запускаете его в кластере, вы можете использовать эту опцию, чтобы разделить большой
группируя задания на мелкие части, я предлагаю вам просто использовать "--L 1", если у вас нет
достаточно оперативной памяти для каждого процессора
-S Количество сегментов для разделения входной БД, по умолчанию 64
--Q количество заданий для отправки в систему очередей, по умолчанию 0
по умолчанию программа использует режим ssh для отправки удаленных заданий
--Т тип системы массового обслуживания, поддерживаются "PBS", "SGE", по умолчанию PBS
--Р файл перезапуска, используемый после сбоя запуска
-h распечатать эту справку
Дополнительные параметры cd-hit / cd-hit-est можно указать в командной строке.
Вопросы, ошибки, свяжитесь с Weizhong Li по адресу [электронная почта защищена]
Воспользуйтесь cd-hit-para онлайн с помощью сервисов onworks.net
