circos - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

____ _
/ ___ (_) _ __ ___ ___ ___
| | | | '__ / __ / _ \ / __ |
| | ___ | | | | (_ | (_) \ __ \
\ ____ | _ | _ | \ ___ \ ___ / | ___ /

раунд хорош

circos - генерировать циклически составленную информационную графику

СИНТАКСИС

# угадать расположение файла конфигурации
цирки

# использовать определенный файл конфигурации
circos -conf circos.conf [-silent]

# диагностировать необходимые модули
Circos -модули

# справочная страница
цирковой человек

# подробная отладка компонентов кода
# видеть http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
circos -debug_group ГРУППА1, [ГРУППА2, ...]

# полная отладка
цирк -debug_group _all

# дамп конфигурации блока (или дерева блоков)
# любые параметры, соответствующие REGEXP (необязательно)
circos -cdump [БЛОК1 / [БЛОК2 / ...]] {: REGEXP}

# переопределение параметров конфигурации
circos -param image / radius = 2000p -param ideogram / show = no

# для удовольствия - рандомизировать все цвета в изображении, кроме
# COLOR1 и COLOR2
circos -randomcolor ЦВЕТ1, [ЦВЕТ2, ...]

ОПИСАНИЕ

Circos предназначен для визуализации данных в круговой компоновке, идеально подходящей для изучения взаимосвязей.
между объектами или позициями. Есть и другие причины, по которым круговая раскладка
выгодно, не в последнюю очередь потому, что это привлекательно.

Circos - это не решение. Это инструмент для решения задач визуализации. Для данного
проблема, у вас нет гарантий, что это уместно.

У вас есть точный контроль над отображением каждого элемента данных, помогая вам соответствовать
значимость уместности.

КОНФИГУРАЦИЯ

Параметры предназначены для передачи с использованием текстового файла конфигурации. Этот файл может быть
создается вручную или другим скриптом, что позволяет полностью автоматизировать Circos.

Полную документацию см.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

Синтаксис
Конфигурация представляет собой обычный текст и состоит из иерархических блоков. Некоторые блоки, например
" являются обязательными, в то время как другим нравится " являются необязательными.

Чтобы начать работу, обратитесь к краткому руководству.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

Типичный файл конфигурации может выглядеть так

# размер и формат изображения

...


# положение и размер идеограмм

...


# положение, тип и формат дорожек данных


...

...


# цвета, шрифты и узоры заливки
< >

# системные параметры
< >

модульность
Знак "< > директива импортирует один файл конфигурации в другой. Этот
средство помогает сохранять файлы конфигурации модульными.

Определения параметров, которые не часто меняются, например определения цвета и шрифта,
обычно импортируются из файлов, находящихся в так далее/ в раздаче.

В обучающих материалах вы обнаружите, что значок " а также " блоки импортируются в
основной файл конфигурации. Поскольку эти блоки могут быть довольно большими, основные
файл конфигурации будет более разборчивым, если они разделены на отдельные файлы.

Переопределение *
Чтобы переопределить параметр, который был включен из файла, используйте суффикс «*». Суффикс
требуется, поскольку несколько определений параметра недопустимы, за исключением случаев
где параметр может иметь более одного значения.


# включенный файл определяет 'радиус'
< >
# это переопределит значение радиуса
радиус * = 2500p


Суффикс «*» может повторяться, чтобы указать, какое значение имеет приоритет в блоке.

радиус = 1500p
радиус * = 2500p
radius ** = 3000p # будет использоваться этот экземпляр радиуса

Переопределение Command линия
Любой параметр конфигурации в уникальном имени блока можно указать в командной строке.
через

-param ПУТЬ / ПАРАМЕТР = значение

Например,


показать = нет
...


-param ideogram / show = нет

и



по умолчанию = 0.01r

...


-param идеограмма / интервал / по умолчанию = 0.01r

После появления conf () используется в файле конфигурации для получения значения парметра (любой
параметр, а не только те, которые установлены -param), вы получаете гибкую систему для изменения
конфигурация в командной строке.

вид = человек
karytotype = data / karyotype / karyotype.conf (виды) .txt

-param разновидности = крыса

Можно переопределить несколько параметров, каждый со своим собственным флагом "-param".

-param show_ticks = no -param image / radius = 2000p

Объединение Блоки
Автоматически объединяются несколько экземпляров следующих блоков: " ,
" , " , " , " , " , " а также " .

Это сделано для того, чтобы вы могли добавить к каноническим определениям.

# этот файл определяет значение по умолчанию , а также
< >

# добавить в блок цветов

мой цвет = 150,25,25

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Конфигурация
-configfile ФАЙЛ
Имя конфигурационного файла. Это обязательно.

Circos попытается угадать местонахождение этого файла, выполнив поиск "circos.conf" в
".", "..", а также "../ ..".

Результат Формат
-png, -нопнг
-СВГ, -носвг
Переключает вывод файлов PNG и SVG.

Фото товара Elements
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
Отменить отображение меток и их меток. Оба они обычно определяются в
блокировать.

Результат Пути
-outputdir DIR, -dir DIR
-outputfile ФАЙЛ, -файл ФАЙЛ
Измените выходной каталог и имя файла. ФАЙЛ может содержать путь.

Отладка
-отлаживать
Включите основной вывод отладки. Сообщает информацию из

изображение, io, слой, сводка, таймер

группы отладки (см. ниже).

-debug_group {+ -} ГРУППА1, [{+ -} ГРУППА2, ...]
Включите вывод отладки для определенных групп. Список групп см.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

Чтобы добавить группу к выходу, добавьте к ней префикс +. Чтобы удалить это, с помощью -.

# использовать группы отладки по умолчанию, но исключить слой и io
-debug -debug_group -layer, -io

# использовать группы отладки по умолчанию и добавить интервал
-debug -debug_group + интервал

# явно указать группы
-debug_group png, io, таймер

Чтобы перечислить поддерживаемые группы, используйте флаг без аргумента

-debug_group

-время
Сообщить информацию о сроках. То же, что и -debug_group + timer

-тихая
Не создавать отчетов.

-параноид, -нопараноид
Запускать в параноидальном режиме (по умолчанию) или нет. Значение по умолчанию для этого параметра определяется
'paranoid' в etc / housekeeping.conf.

-Предупреждения, -Nowarnings
Отображать предупреждения или нет (по умолчанию). Значение по умолчанию для этого параметра определяется
'предупреждения' в etc / housekeeping.conf.

-fakeerror = item -fakeerror CAT = item -fakeerror, ID = item -fakeerror CAT, ID
Подделайте ошибку, отобразив сообщение об ошибке для категории CAT и ID имени ошибки. Если
один или ни один из них не указаны, перечисляются доступные ошибки.

Если вам действительно не нравятся сообщения об ошибках, у вас не должно быть особых причин
хочу использовать это.

Применение
-версия
Покажи версию.

-Помощь
Показать краткое описание использования.

-человек
Показать страницу руководства.

Дурак Около
-randomcolor [цвет1, цвет2, ...]
Случайным образом измените цвет каждого элемента изображения, за исключением необязательного списка
цвета.

Например, чтобы фон оставался белым, а все черное,

-случайный цвет белый, черный

Используйте цирки онлайн с помощью сервисов onworks.net