cleanasn - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

cleanasn - убрать неровности в объектах NCBI ASN.1

СИНТАКСИС

чистый [-] [-A имя файла] [-C ул] [-D ул] [-F ул] [-K ул] [-L имя файла] [-M имя файла]
[-N ул] [-P ул] [-Q ул] [-R] [-S ул] [-T] [-U ул] [-V ул] [-X ул] [-Z ул] [-a ул]
[-b] [-c] [-d ул] [-f ул] [-i имя файла] [-j имя файла] [-k имя файла] [-m ул] [-n путь]
[-o имя файла] [-p путь] [-q путь] [-r путь] [-v путь] [-x Ext]

ОПИСАНИЕ

чистый это служебная программа для устранения нарушений в объектах NCBI ASN.1.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Сводка опций приведена ниже.

- Распечатать сообщение об использовании

-A имя файла
Файл списка доступа

-C ул Последовательные операции согласно флагам в str:
c Сжать
d Распаковать
v Виртуальные промежутки внутри сегментированной последовательности
s Преобразовать сегментированный набор в дельта-последовательность

-D ул Очистите дескрипторы по флагам в str:
t Удалить заголовок
c Удалить комментарий
n Удалить заголовок Nuc-Prot Set
e Удалить заголовок Pop / Phy / Mut / Eco Set
m Удалить заголовок мРНК
p Удалить заголовок Protein

-F ул Очистите функции согласно флагам в str:
u Удалить пользовательские объекты
d Удалить db_xrefs
e Удалить /свидетельство и / вывод
r Удалить избыточные внешние ссылки генов
f Объедините повторяющиеся элементы
k Возможности области кодирования пакета или частей
z Удалить или обновить номера EC

-K ул Выполните общую очистку согласно флагам в str:
б BasicSeqEntryCleanup
p C ++ BasicCleanup (через внешнюю утилиту)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Нормализовать порядок дескрипторов
u Удаление пользовательских объектов NcbiCleanup
c Синхронизировать генетические коды
d Повторная синхронизация частичных файлов CDS
m Ресинхронизировать части мРНК
t Повторная синхронизация частичных пептидов
a Отрегулируйте консенсусное соединение
я повышаю до "худшего" Seq-ID

-L имя файла
Журнальный файл

-M имя файла
Файл макроса

-N ул Очистите ссылки согласно флагам в str:
o Связывание мРНК CDS путем перекрытия
p Связывание мРНК CDS по продукту
r Переназначить идентификаторы функций
f Исправьте отсутствующие взаимные идентификаторы функций
c Очистить идентификаторы функций

-P Варианты публикации:
a Удалить все публикации
s Удалить серийный номер
f Удалить рисунок, нумерацию и имя
r Удалить примечание
u Обновить публикацию только для PMID
# Заменить неопубликованное на PMID

-Q ул Доклад:
c Количество записей
r Отчет ASN.1 ЧЭС
s Отчет ASN.1 SSEC
n НОРМ в сравнении с отчетом SSEC
e Отчет PopPhyMutEco AutoDef
o Отчет о перекрытии
l Разница между широтой и долготой страны
d Журнал различий SSEC
g Разница GenBank SSEC
f asn2gb / asn2flat diff
h Разница между сегментами GenBank
v Валидатор SSEC diff
m Модернизация генов / РНК / ПЦР
u Поиск неопубликованных пабов
p Поиск опубликованных пабов
j Отчет неиндексированного журнала
x Пользовательское сканирование

-R Удаленная выборка из ID (базы данных последовательностей NCBI)

-S ул Выборочный фильтр различий (пропущенные заглавные буквы)
с SSEC
b ЧЭС
Автор
p Публикация
l Расположение
р РНК
q Порядок сортировки квалификатора
g Блок Генбанка
k Пакет CdRegion или особенности частей
m Переместить публикацию
o Оставить дубликат публикации Bioseq
d Автоматическая линия определения
e Линия определения Pop / Phy / Mut / Eco Set

-T Поиск в таксономии

-U ул Модернизируйте согласно флагам в str:
гены
р РНК
p Праймеры для ПЦР

-V ул Удалить функции по серьезности валидатора:
r Отклонить
e Ошибка
w Предупреждение
я информация

-X ул Разные варианты, на ул:
d Автоматическая линия определения
e Линия определения Pop / Phy / Mut / Eco Set
n Создание экземпляра заголовка NC
m Создание экземпляров названий NM
x Особые титулы XM
p Создание экземпляров белков
c Создание мРНК для кодирующих последовательностей
f Исправить взаимный идентификатор_протеина / идентификатор_транскрипта

-Z ул Удалить указанный Пользователь-объект

-a ул Тип АСН.1
a Любой (по умолчанию)
e Запись последовательности
б биосек
s Bioseq-набор
m Seq-отправить
t Пакетная обработка [String]

-b Входной ASN.1 является двоичным

-c Входной ASN.1 сжат

-d ул Исходная база данных
a Любой (по умолчанию)
г GenBank
e ЭМБЛ
г DDBJ
b EMBL или DDBJ
r RefSeq
п NCBI
v Только сегментированные последовательности
w Исключить сегментированные последовательности
x Исключить EMBL / DDBJ
y Исключить gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f ул Фильтр подстроки

-i имя файла
Один входной файл (по умолчанию - стандартный ввод)

-j имя файла
Первое имя файла

-k имя файла
Последнее имя файла

-m ул Режим плоского файла:
r Выпуск
э Энтрез
с блестками
d Дамп

-n путь
asn2квартира исполняемый файл (по умолчанию / netopt / ncbi_tools / bin / asn2flat)

-o имя файла
Один выходной файл (по умолчанию - стандартный вывод)

-p путь
Обработать все совпадающие файлы в путь

-q путь
ffdiff исполняемый файл (по умолчанию / netopt / genbank / subtool / bin / ffdiff)

-r путь
Путь к результатам

-v путь
Asnval исполняемый файл (по умолчанию / netopt / ncbi_tools / bin / asnval)

-x Ext Суффикс выбора файла для использования с -p (по умолчанию .ent)

Используйте cleanasn онлайн с помощью сервисов onworks.net