Это команда ClonalFrame, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
ClonalFrame - вывод о микроэволюции бактерий с использованием данных мультилокусных последовательностей
СИНТАКСИС
ClonalFrame [ОПЦИИ] входной файл выходной файл
ОПИСАНИЕ
ClonalFrame определяет клональные отношения между членами выборки, в то время как
также оценка хромосомного положения событий гомологичной рекомбинации, которые имеют
нарушено клональное наследование.
Опции:
-x ЧИСЛО Устанавливает количество итераций после приработки (по умолчанию 50000)
-y ЧИСЛО Устанавливает количество итераций приработки (по умолчанию 50000)
-z ЧИСЛО Устанавливает количество итераций между выборками (по умолчанию 100)
-e ЧИСЛО Устанавливает количество ходов с заменой ветвей на итерацию (по умолчанию половина
время тратится на перестановку веток)
-m ЧИСЛО Устанавливает начальное значение теты на ЧИСЛО (по умолчанию оценка Уоттерсона)
-d ЧИСЛО Устанавливает начальное значение дельты на ЧИСЛО (по умолчанию 0.001)
-n ЧИСЛО Устанавливает начальное значение nu равным ЧИСЛО (по умолчанию 0.01)
-r ЧИСЛО Устанавливает начальное значение R на ЧИСЛО (по умолчанию начальное значение тета / 10)
-M Обновите значение теты
-D Не обновляйте значение дельты
-N Не обновляйте значение nu
-R Не обновляйте значение R
-T Не обновляйте топологию
-A Не обновляйте возраст узлов
-G Убрать все пробелы
-H Убрать все пробелы в неполиморфных позициях
-t ЧИСЛО Укажите, какое исходное дерево использовать: 0 для нулевого дерева, 1 для равномерно выбранного
объединяющее дерево и 2 для дерева UPGMA (по умолчанию)
-w ФАЙЛОВ
Используйте файл Newick для начального дерева
-a NUM Устанавливает первый параметр бета-априорного распределения nu.
-b NUM Устанавливает второй параметр бета-априорного распределения nu.
-U Используйте единые априорные значения для rho, theta и delta
-B Запустить в режиме BURST
-C Запуск в режиме UPGMA с пошаговой процедурой начальной загрузки
-c Запуск в режиме UPGMA с процедурой поэтапной загрузки
-S ЧИСЛО Устанавливает начальное число для генератора случайных чисел на ЧИСЛО.
-E ЧИСЛО Устанавливает скорость экспоненциального роста (по умолчанию 0)
-I Игнорирует первый блок в выравнивании
-L Очистите выравнивание перед запуском ClonalFrame
-l Минимальное расстояние между двумя опорными точками (по умолчанию 50)
-v Подробный режим
Используйте ClonalFrame в Интернете с помощью сервисов onworks.net
