Это команда cmfetch, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
cmfetch - получить модель (ы) ковариации из файла
СИНТАКСИС
cmfetch [опции]
(извлекает CM с именем )
cmfetch -f [опции]
(извлекает все CM, перечисленные в )
cmfetch --показатель [опции]
(индексы для получения)
ОПИСАНИЕ
Получает один или несколько CM из (например, большая база данных Rfam).
Чтобы обеспечить очень быстрое извлечение, проиндексируйте во-первых, используя cmfetch --показатель. Индекс
это двоичный файл с именем .ssi.
Режим по умолчанию - получить один CM по имени или принадлежности, называемый . Что касается
пример:
% cmfetch Rfam.cm тРНК
% cmfetch Rfam.cm RF00005
Для -f вариант, а вместо этого читается список из одного или нескольких ключей.
Первое поле с разделителями-пробелами в каждой непустой строке без комментариев
используется как , и любые оставшиеся данные в строке игнорируются. Это позволяет разнообразить
файлов данных, разделенных пробелами, которые будут использоваться как с.
Когда используешь -f и еще один , if был проиндексирован, ключи извлекаются в
порядок, в котором они происходят в , но если не индексируется, ключи извлекаются в
порядок, в котором они встречаются в . Это побочный эффект реализации, которая
позволяет получить несколько ключей, даже если это невозвратный поток, например
стандартный входной патрубок.
При нормальном использовании (без --показатель or -f параметры), может быть '-' (тире), что означает
чтение ввода из STDIN а не файл. С --показатель вариант, может не быть
'-'; нет смысла индексировать стандартный входной поток. С -f вариант, либо
or (но не оба) могут быть '-'. Часто бывает особенно полезно прочитать
из стандартного ввода, потому что это позволяет использовать произвольную командную строку
вызовы для создания списка имен CM или доступа, а затем загрузить их все в новый файл,
всего одной командой.
По умолчанию CM выводится на стандартный вывод в формате Infernal-1.1.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и всех доступных параметрах.
-f Второй аргумент командной строки - это вместо одного . Ассоциация
первое поле в каждой строке используется как поиск (имя CM
или присоединение). Пустые строки и строки комментариев (начинающиеся с символа #) являются
игнорируются.
-o Вывести CM в файл вместо стандартного вывода.
-O Вывести CM в отдельный файл (ы) с именем вместо стандартного вывода. С
-f вариант, это может привести к созданию большого количества файлов.
--показатель
Вместо получения одного или нескольких профилей из , индексировать для
будущие поиски. Это создает .ssi двоичный индексный файл.
Используйте cmfetch онлайн с помощью сервисов onworks.net
