Это команда compalign, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
compalign - сравнить два множественных выравнивания
СИНТАКСИС
равняться [-параметры]
ОПИСАНИЕ
равняться вычисляет дробную «идентичность» между доверенным выравниванием и тестом
выравнивание. Два файла должны содержать точно такие же последовательности, в абсолютно одинаковых
порядка.
Идентичность множественных выравниваний последовательностей определяется как усредненная идентичность по
все попарные выравнивания N (N-1) / 2.
Дробная идентичность двух наборов попарных выравниваний, в свою очередь, определяется следующим образом
(для выровненных известных последовательностей k1 и k2 и выровненных тестовых последовательностей t1 и t2):
совпадающие столбцы / всего столбцы
где total columns = общее количество столбцов, в которых есть
действительный (не связанный) символ в k1 или k2;
совпадающие столбцы = количество столбцов, в которых один из
верно следующее:
k1 и k2 оба имеют допустимые символы в данном столбце; t1 и t2
одинаковые символы выровнены в столбце t1 / t2
выравнивание;
k1 имеет символ, выровненный по пробелу в k2; этот символ в t1
также выровнен по зазору;
k2 имеет символ, выровненный по пробелу в k1; этот символ в t2
также выровнен по зазору.
Поскольку подсчитываются баллы для всех возможных пар, алгоритм имеет порядок (N ^ 2) L для
N последовательностей длины L; большие наборы последовательностей займут время.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Доступные Варианты:
-h Распечатайте краткую справку и информацию об использовании.
-c Сравнивайте только под отмеченной # = консенсусной структурой CS.
--информировать
Укажите, что оба выравнивания имеют формат (например, MSF).
--тихий
Подавить подробный заголовок (используется в регрессионном тестировании).
Используйте compalign онлайн с помощью сервисов onworks.net
