Это команда cpgplote, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
cpgplot - Идентифицировать и построить CpG-островки в нуклеотидной последовательности (ах)
СИНТАКСИС
cpgplot -последовательность Seqall -окно целое -минлен целое -миное плавать -minpc плавать
-выходной файл Outfile -участок тумблер -граф ксиграф -obsexp логический -cg логический
-ПК логический -победить подвиг
cpgplot -Помощь
ОПИСАНИЕ
cpgplot это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью командных групп «Nucleic: CpG Islands».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательность Seqall
необходимые .
-окно целое
Процентное содержание CG и наблюдаемая частота CG рассчитываются в пределах
окно, размер которого задается этим параметром. Окно перемещается вниз по порядку и
эта статистика рассчитывается для каждой позиции, в которую перемещается окно. Дефолт
значение: 100
-минлен целое
Это устанавливает минимальную длину, которой должен быть островок CpG, прежде чем о нем будет сообщено.
Значение по умолчанию: 200
-миное плавать
Это устанавливает минимальное среднее наблюдаемое к ожидаемому отношению C плюс G к CpG в наборе.
из 10 окон, которые необходимы, прежде чем сообщается об островке CpG. Значение по умолчанию: 0.6
-minpc плавать
Это устанавливает минимальный средний процент G плюс C для набора из 10 окон, которые
требуется до того, как будет сообщено об острове CpG. Значение по умолчанию: 50.
Результат .
-выходной файл Outfile
Это устанавливает имя файла, содержащего отчет об имени входной последовательности, CpG.
параметры острова и подробные сведения о любых найденных островах CpG.
-участок тумблер
Значение по умолчанию: Y
-граф ксиграф
-obsexp логический
Если установлено значение true, то график наблюдаемого и ожидаемого отношения C плюс G к
CpG в окне отображается. Значение по умолчанию: Y
-cg логический
Если установлено значение true, то график регионов, которые были определены как
Отображаются острова CpG. Значение по умолчанию: Y
-ПК логический
Если установлено значение true, то график процентного содержания C плюс G в пределах окна выглядит следующим образом:
отображается. Значение по умолчанию: Y
-победить подвиг
Файл для функций вывода
Используйте cpgplote онлайн с помощью сервисов onworks.net
