Это команда dcmstack, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
dcmstack - конвертер DICOM в NIfTI
ОПИСАНИЕ
использование: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]
[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--output-ext OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--voxel-order VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--time-order TIME_ORDER] [--vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--disable-translator DISABLE_TRANSLATOR] [--extract-private] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regex] [-v] [--strict] [--version]
[исходные_каталоги [исходные_каталоги ...]]
Сложите файлы DICOM из каждого исходного каталога в тома от 2D до 5D, при необходимости извлекая
метаданные.
позиционный аргументы:
src_dirs
Исходные каталоги, содержащие файлы DICOM.
необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
вход опции:
- принудительное чтение
Попробуйте прочитать все файлы в формате DICOM, даже если в них отсутствует преамбула.
--file-ext ФАЙЛ_EXT
Попробуйте читать только файлы с заданным расширением. По умолчанию: .dcm
- куклы-пустышки
Разрешить файлы DICOM, в которых отсутствуют данные о пикселях, заполняя этот фрагмент вывода
nifti с максимальным представимым значением.
Результат опции:
--dest-дир DEST_DIR
Целевой каталог, по умолчанию - исходный каталог.
-o ВЫХОД_ИМЯ, --output-имя ВЫХОД_ИМЯ
Строка формата Python, определяющая имена выходных файлов на основе тегов DICOM.
--output-ext ВЫХОД_EXT
Расширение для типа выходного файла. По умолчанию: .nii.gz
-d, --дамп-мета
Выгрузить извлеченные метаданные в файл JSON с тем же базовым именем, что и у
сгенерирован Nifti
--embed-мета
Вставьте извлеченные метаданные в расширение заголовка Nifti (в формате JSON).
Укладка Опции:
-g ГРУППА ПО, --группа по ГРУППА ПО
Разделенный запятыми список ключей метаданных для группировки входных файлов в стеки с помощью.
--voxel-порядок ВОКСЕЛЬ_ОРДЕР
Расположите воксели таким образом, чтобы пространственные индексы начинались с этих направлений у пациента.
Космос. Направления в помещении для пациентов следует указывать в виде трехзначного кода:
(l) левый, (r) правый, (a) передний, (p) задний, (s) верхний, (i) нижний. Прохождение пустого
строка отключит переориентацию. По умолчанию: LAS
-t ВРЕМЯ_VAR, --time-var TIME_VAR
Ключевое слово элемента DICOM, используемое для упорядочивания стека по временному измерению.
--vector-вар VECTOR_VAR
Ключевое слово элемента DICOM, используемое для упорядочивания стека по векторному измерению.
--time-order TIME_ORDER
Предоставьте текстовый файл с желаемым порядком значений (по одному в строке)
атрибут, используемый в качестве временной переменной. Этот вариант нужен редко.
--vector-порядок VECTOR_ORDER
Предоставьте текстовый файл с желаемым порядком значений (по одному в строке)
атрибут, используемый как векторная переменная. Этот вариант нужен редко.
Мета Добыча и фильтрация Опции:
-l, --список-переводчики
Вывести список включенных переводчиков и выйти
--отключить-переводчик DISABLE_TRANSLATOR
Отключите переводчики для предоставленных тегов. Теги должны быть даны в формате
«0x0_0x0». В списке, разделенном запятыми, можно указать более одного. Если слово «все»
предоставляется, все переводчики будут отключены.
--extract-частный
Извлекайте метаданные из приватных элементов, даже если нет переводчика. Если
Значение для элемента содержит байты, отличные от ascii, оно все равно будет проигнорировано. В
извлеченные метаданные все еще могут быть отфильтрованы регулярными выражениями.
-i ВКЛЮЧИТЬ_РЕГЭКС, --include-regex ВКЛЮЧИТЬ_REGEX
Включите любые метаданные, в которых ключ соответствует предоставленному регулярному выражению. Этот
переопределит любые выражения исключения. Применяется ко всем метаданным.
-e ИСКЛЮЧЕНИЕ_РЕГЭКС, --exclude-regex EXCLUDE_REGEX
Исключите любые метаданные, в которых ключ соответствует предоставленному регулярному выражению. Этот
будет дополнять выражения исключения по умолчанию. Применяется ко всем метаданным.
- по умолчанию-регулярные выражения
Распечатайте список включенных и исключаемых по умолчанию регулярных выражений и выйдите.
Общие Опции:
-v, --подробный
Распечатать дополнительную информацию.
--строгий
Ошибка при первом исключении вместо отображения предупреждения.
--версия
Покажи версию и выйди.
ВЫ ОБЯЗАНЫ УЗНАТЬ, ЕСТЬ ЛИ ЧАСТНАЯ ИНФОРМАЦИЯ О ЗДОРОВЬЕ В МЕТАДАННЫХ.
ИЗВЛЕЧЕНЫ ДАННОЙ ПРОГРАММОЙ.
Используйте dcmstack онлайн с помощью сервисов onworks.net
