Это командный демультиплексор, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
demux - преобразование ограничений расстояния XPLOR в формат Gromacs
СИНТАКСИС
демультиплексора md0.log дополнительно
ОПИСАНИЕ
Если вы хотите, чтобы ваши траектории снова стали непрерывными, вы можете использовать демультиплексора читать
ваш файл md0.log (при необходимости вы можете объединить несколько) и произвести несколько выводов
файлы. Один из них - файл .xvg (реплика_ndx.xvg), который можно передать Trjcat(1) вдоль
с исходными файлами траекторий для создания непрерывных траекторий. Другой
файл (реплика_temp.xvg) содержит температуры для каждой реплики, начиная с
исходная температура. Так что, если интересующая вас реплика начинается, скажем, с 300 КБ, вы можете следовать
его траектория через температурное пространство. Было бы интересно добавить
функция построения гистограмм распределения температуры для каждой реплики, которая
по мнению большинства авторов, должен быть плоским. Демультиплексированные траектории можно использовать с
г_кинетика(1) для получения кинетики сворачивания белка из траекторий REMD.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
md0.log Файл журнала траектории, которую вы хотите сделать непрерывной. Несколько файлов могут быть
добавлены вместе.
дополнительно Сколько раз каждая запись в файле журнала будет скопирована. (Целое число)
ОГРАНИЧЕНИЯ
Если бы ваш обмен производился каждые N пс и вы сохранили каждое M пс, которое вы могли бы сделать для недостающих
кадры, установив дополнительно до (N / M - 1). Если N / M не целое, вам не повезло, и вы
вообще не сможет демультиплексировать ваши траектории.
Используйте демультиплексор онлайн с помощью сервисов onworks.net
