Это команда e-PCR, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
е-ПЦР - поиск сайтов с метками последовательностей (STS) в последовательностях ДНК
СИНТАКСИС
электронная ПЦР [-hV] [posix-параметры] stsfile [фаста ...] [параметры совместимости]
ОПИСАНИЕ
Программа заменяет бластом расположение пар праймеров в геноме, которое может
дают продукт ПЦР.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
posix-параметры:
-m =## Маржа (по умолчанию 50)
-w =## Размер слов (по умолчанию 7)
-n =## Максимальное допустимое количество несовпадений (по умолчанию 0)
-g =## Максимальные допустимые отступы (по умолчанию 0)
-f =## Используйте ## непоследовательные слова, медленно, если ##> 1
-o =## Установить выходной файл
-t =## Установить выходной формат:
1 - классический, диапазон (pos1..pos2)
2 - классика, мидпойнт
3 - табличный
4 - табличный с выравниванием в комментариях (медленно)
-d =## - ## Установить диапазон размеров по умолчанию (по умолчанию 100–350)
-p =+- Включение / выключение постобработки обращений
-v =## Флаги детализации
-a =а | е Используйте выравнивание с предварительным размером (только если зазоры> 0), медленно
a - всегда или f - как резерв
-x =+- Использовать маскировку праймеров на 5'-конце строчными буквами (по умолчанию -)
-u =+- Все праймеры в верхнем регистре (по умолчанию -)
compat-options (повторяющиеся posix-параметры)
M=## Маржа (по умолчанию 50)
W=## Размер слов (по умолчанию 7)
N=## Допустимое количество несовпадений (по умолчанию 0)
G=## Максимальные допустимые отступы (по умолчанию 0)
F=## Используйте ## прерывистые слова
O=## Установите выходной файл на ##
T=## Установить выходной формат (1..3)
D=## - ## Установить диапазон размеров по умолчанию
P=+- Включение / выключение постобработки
V=## Флаги детализации
A=а | е Используйте выравнивание с предварительным размером (только если зазоры> 0), медленно
a - всегда или f - как резерв
X=+- Использовать маскировку праймеров на 5'-конце строчными буквами (по умолчанию -)
U=+- Все праймеры в верхнем регистре (по умолчанию -)
-Mid То же, что и T = 2
Для получения информации о дальнейших возможностях просто позвоните электронная ПЦР безо всяких опций.
Используйте электронную ПЦР онлайн с помощью сервисов onworks.net
