Это команда fastml, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
fastml - реконструкция предковой аминокислотной последовательности с максимальной вероятностью
СИНТАКСИС
фастмл [опции]
ОПИСАНИЕ
FastML - это инструмент биоинформатики для реконструкции наследственных последовательностей на основе
филогенетические отношения между гомологичными последовательностями. FastML выполняет несколько алгоритмов, которые
реконструировать наследственные последовательности с акцентом на точную реконструкцию обоих
индели и символы. Для реконструкции символов ранее описанный FastML
алгоритмы используются для эффективного вывода наиболее вероятных наследственных последовательностей для каждого
внутренний узел дерева. Предоставляются как суставные, так и краевые реконструкции. Для
Реконструкция indels последовательности сначала кодируются в соответствии с обнаруженными событиями indel
в рамках множественного выравнивания последовательностей (MSA), а затем современной модели правдоподобия
используется для реконструкции древних инделей состояний. Результаты наиболее вероятны
последовательности, вместе с апостериорными вероятностями для каждого символа и отступом для каждого
позиция последовательности для каждого внутреннего узла дерева. FastML является универсальным и применимым
для любого типа молекулярных последовательностей (нуклеотидных, белковых или кодонных последовательностей).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-h помощь
-s входной файл последовательности (например, используйте -s emySequences / eseq.txt)
-t входной файл дерева (если дерево не задано, вычисляется дерево соединения соседей).
-g Предположим, что модель вариации скорости сайта (гамма) [По умолчанию программа
примет однородную модель. очень быстро, но менее точно!]
-m название модели
-мдж [ДТТ]
-ML LG
-г-н mtREV (для митохондриальных геномов)
-md ДНЕЙ
-мв WAG
-mc cpREV (для геномов хлоропластов)
-ма Джукс и Кантор (JC) для аминокислот
-мн Джукса и Кантора (JC) для нуклеотидов
-мч Модель HKY для нуклеотидов
-мг nucgtr Модель для нуклеотидов
-мт tamura92 Модель для нуклеотидов
-мой модель кодонов Yang M5
Я эмпирическая матрица кодонов
Управление параметрами вывода:
-x вывод файла tree в формате Newick [tree.newick.txt]
-y вывод файла дерева в формате ANCESTOR [tree.ancestor.txt]
-j выходной файл совместных последовательностей [seq.joint.txt]
-k выходной файл маргинальных последовательностей [seq.marginal.txt]
-d выходной файл совместных вероятностей [prob.joint.txt]
-e выходной файл предельных вероятностей [prob.marginal.txt]
-q формат вывода наследственных последовательностей. (-кк = [КЛАСТАЛЬНЫЙ], -qf = ФАСТА,
-кв.м = МОЛФИ, -qs = МАСЭ, -qp = ФЛИП, -qn = Нексус)
Расширенные опции:
-a Порог для повторного вычисления предельных вероятностей [0.9]
-b Не оптимизируйте длину ветвей на стартовом дереве
[по умолчанию ветви и альфа оптимизированы на основе данных ML]
-c количество дискретных гамма-категорий для гамма-распределения [8]
-f не вычислять совместную реконструкцию (хорошо, если алгоритм ветвления и границы принимает
слишком много времени, и цель состоит в том, чтобы вычислить краевую реконструкцию с помощью гаммы).
-z Связка использовалась. -зс - ограничение по сумме. -зм исходя из макс. -зб [оба]
-p пользовательский альфа-параметр гамма-распределения [если альфа не указана, альфа и
ветки будут оцениваться по данным (переопределить -b)
Используйте fastml онлайн с помощью сервисов onworks.net
