fastq-mcf - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

fastq-mcf - ea-utils: обнаружение уровней наличия адаптера, вычисление вероятностей и местоположений
адаптеров

СИНТАКСИС

fastq-mcf [кредита] [mate1.fq ...]

ОПИСАНИЕ

Версия: 1.04.676

Обнаруживает уровни присутствия адаптера, вычисляет вероятность и местоположение (начало, конец)
переходники. Удаляет последовательности адаптеров из файлов fastq.

Статистика отправляется в stderr, если только -o указан.

Указывать -0 чтобы отключить все настройки по умолчанию

Если вы укажете несколько входов с парным концом, тогда -o опция требуется для каждого. IE:
-o read1.clip.q -o read2.clip.fq

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-h Эта помощь

-o FIL Выходной файл (статистика в стандартный вывод)

-s NN Логарифмическая шкала для согласования минимальной длины адаптера (2.2)

-t N% порог возникновения до отсечения адаптера (0.25)

-m N Минимальная длина клипа, отменяет масштабирование автоматически (1)

-p N Максимальный процент отклонения адаптера (10)

-l N Минимальная оставшаяся длина последовательности (19)

-L N Максимальная оставшаяся длина последовательности (нет)

-D N Удалить повторяющиеся чтения: Read_1 имеет идентичные N баз (0)

-k N sKew на процент меньше, чем вызывает удаление цикла (2)

-x N 'N' (плохое чтение) процент, вызывающий удаление цикла (20)

-q Порог качества N, вызывающий удаление основания (10)

-w Размер окна N для качественной обрезки (1)

-H удалить> 95% гомополимерных ридов (нет)

-X удалить чтения с низкой сложностью (нет)

-0 Установить все параметры по умолчанию на ноль / ничего не делать

-U| u Принудительное отключение / включение фильтрации Illumina PF (авто)

-P N Phred-шкала (авто)

-R Не удаляйте N с фронтов / концов чтения

-n Не обрезайте, просто выведите то, что будет сделано

-C N Количество операций чтения, используемых для субдискретизации (300k)

-S Сохраните все отвергнутые чтения в файлы '.skip'

-d Вывод множества случайных отладочных материалов

Качество регулировка опции:
--цикл-настроить
CYC, AMT Регулировка цикла CYC (отрицательное значение = смещение от конца) на величину AMT

--phred-настроить
SCORE, AMT Скорректировать оценку SCORE по сумме AMT

--phred-Adjust-max
SCORE Скорректируйте результаты> SCORE для SCOTE

фильтрация параметры*:
- [mate-] qual-среднее
NUM Минимальный средний показатель качества

- [mate-] qual-gt
NUM, THR Не менее NUM quals> THR

- [mate-] макс-нс
NUM Maxmium N-звонков в чтении (может быть%)

- [мат-] мин-лен
NUM Минимальная оставшаяся длина (такая же, как -l)

- гомополимер-п.п.
Процент фильтра из гомополимера PCT (95)

--lowcomplex-pct
Процент фильтра сложности PCT (95)

Если используется префикс mate-, то применяется ко второму без штрих-кода только для чтения.

Файлы адаптера имеют формат fasta:

Укажите n / a, чтобы отключить отсечение адаптера, и просто используйте фильтры

Увеличение масштаба увеличивает длину распознавания, шкала 100 заставит
полное распознавание переходников.

Последовательности адаптеров с _5p в их метках будут соответствовать 'end', а последовательности с _3p в
их метка будет соответствовать "start", в противном случае "конец" определяется автоматически.

Перекос - это когда один цикл плохой, «смещен» к определенной базе. Если какой-либо нуклеотид
меньше процента перекоса, тогда весь цикл удаляется. Отключить метил-seq,
и так далее

Установите перекос (-k) или N-процент (-x) на 0, чтобы выключить (нужно делать для miRNA, ампликона
и другие ситуации невысокой сложности!)

Фильтрация повторяющихся считываний подходит для задач сборки и никогда - при считывании длины.
ожидаемое покрытие. -D 50 будет использовать 4.5 ГБ ОЗУ при чтении ДНК на 100 м - будьте осторожны. Отлично подходит для РНК
сборка.

* Качество фильтров оценивается после обрезки / обрезки

Гомополимерная фильтрация - это подмножество невысокой сложности, но она не будет отслеживаться отдельно.
если только оба не включены.

Используйте fastq-mcf онлайн с помощью сервисов onworks.net