Это команда formatrpsdb, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks с помощью одной из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
formatrpsdb - Сборка баз данных для RPS Blast
СИНТАКСИС
форматрпсдб [-] [-E N] [-G N] [-S X] [-U ул] [-b] [-f X] -i имя файла [-l имя файла]
[-n ул] [-o] [-t ул] [-v N]
ОПИСАНИЕ
Формат rpsdb это утилита, которая преобразует набор входных последовательностей в базу данных
Подходит для использования со взрывной системой с заданной обратной позицией (RPS). Каждая входная последовательность,
вместе со своей оценочной матрицей, зависящей от позиции (PSSM), кодируется ASN.1 в
PssmWithParameters (или `scoremat ') объект и находится в отдельном файле. Scoremat
объекты могут быть созданы с помощью взрыв. Формат rpsdb дается список этих файлов и
создает соответствующую базу данных.
Формат rpsdb предназначен для выполнения работы формат БД, Makemat и копирайт
одновременно, без генерации большого количества промежуточных файлов, эти утилиты
потребуется создать базу данных RPS Blast. Кроме того, объекты зачетных матов имеют более общий характер.
используйте, чем требует makemat бинарный формат. Есть надежда, что прямое манипулирование
объекты Scoremat будут способствовать преобразованию более разнообразных коллекций последовательностей в RPS
Взрывные базы данных.
Базы данных, созданные с помощью formatrpsdb, двоично совместимы с базами данных, созданными с помощью
формат БД/Makemat/копирайт, хотя файлы базы данных, как правило, не будут байтовыми.
байт идентичен.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Сводка опций приведена ниже.
- Распечатать сообщение об использовании
-E N Штраф за продление пропусков (если не указан в таблице результатов; по умолчанию = 1)
-G N Штраф за открытие пробела (если не указан в протоколе; по умолчанию = 11)
-S X Для матов, содержащих только остаточные частоты, применяемый коэффициент масштабирования
при создании PSSM (по умолчанию = 100)
-U ул Базовая матрица оценок (если не указана в таблице результатов; по умолчанию = BLOSUM62)
-b Файлы Scoremat являются двоичными (а не текстовыми) ASN1.
-f X Порог расширения обращений для базы данных RPS (по умолчанию = 11)
-i имя файла
Входной файл, содержащий список имен файлов Scoremat ASN.1
-l имя файла
Имя файла журнала (по умолчанию = formatrpsdb.log)
-n ул Базовое имя выходной базы данных (то же, что и входной файл, если не указано)
-o Создать индексные файлы для базы данных
-t ул Заголовок файла базы данных
-v N Размер тома базы данных в миллионах букв (по умолчанию = 0, что на самом деле означает нет
предел)
Используйте formatrpsdb в Интернете с помощью сервисов onworks.net
