freecontact - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

freecontact - быстрый предсказатель контакта с белками

СИНТАКСИС

freecontact [ВАРИАНТ]

freecontact --parprof [evfold | psicov | psicov-sd] <alignment.aln> contacts.out

/ usr / share / freecontact / a2m2aln --query '^ RASH_HUMAN / (\ d +)' <alignment.fa | свободный контакт
--parprof evfold> contacts.out

freecontact --ali =Алифил --apply-gapth =BOOL --clustpc =NUM - плотность =NUM --cov20 =BOOL
--estimate-ivcov =BOOL --gapth =NUM --icme-timeout =NUM --input-format =[плоский | xml]
--mincontsep =NUM --output-format =[evfold | pfrmat_rr | bioxsd] --pseudocnt =NUM
--pscount-weight =NUM --rho =NUM --threads =NUM --veczw =BOOL

freecontact --help --debug --quiet --version

ОПИСАНИЕ

FreeContact - это средство прогнозирования контакта с остатками белка, оптимизированное для скорости. FreeContact может
функционируют как ускоренный переход к опубликованным предикторам контакта EVfold-mfDCA
DS. Marks et al. (2011) [1] и PSICOV D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact ускоряется за счет комбинации векторных инструкций, нескольких потоков и
более быстрое выполнение ключевых частей. В зависимости от расстановки, 8-кратное или большее ускорение
возможны.

Для получения значимых результатов требуется достаточно большое выравнивание. Как минимум,
выравнивание с эффективным (после взвешивания) количеством последовательностей, превышающим длину
следует использовать последовательность запросов. Выравнивания с десятками тысяч (эффективных) последовательностей
считаются хорошим входом.

Джекхммер(1) или ххблиц(1) можно использовать, например, для создания выравниваний.

[1] PLoS Один. 2011 г.;6(12): e28766. DOI: 10.1371 / journal.pone.0028766. Epub 2011 7 декабря.
Трехмерная структура белка рассчитана на основе изменения эволюционной последовательности. Marks DS, Colwell LJ,
Шеридан Р., Хопф Т.А., Паньани А., Зеккина Р., Сандер К.

[2] Биоинформатика. 2012 15 января;28(2): 184-90. Epub 2011 17 ноября. PSICOV: точный
предсказание структурного контакта с использованием оценки разреженной обратной ковариации на большом кратном
выравнивания последовательностей. Джонс Д.Т., Бьюкен Д.В., Козцетто Д., Понтил М.

вход
Поддерживаются следующие форматы:

плоский
Используется следующий простой формат входного файла:

# querystart = 5
# query = QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ ЗАПРОСА БЕЗ НАПРАВЛЕНИЙ
-ВЫКЛ --- ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ - С-ПРОБЕЛЫ -----
ДРУГОЙ ВЫРАВНИВАНИЕ ------------ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ

Строки заголовка '#' необязательны. Строки заголовка используются для расчета остатков контакта.
числа и искать соответствующие остатки запроса для определенных форматов вывода.

Если запрос не определен, в качестве запроса используется первая последовательность в выравнивании.
последовательность. Последовательность запроса не должна содержать пробелов в выравнивании.

Все строки выравнивания должны быть одинаковой длины и могут содержать только
[АБВГДЕЖЗИЙКЛМНОПРСТУФХЦЧШЩЫЭЮЯ-]. [B] отображается в [D], [Z] отображается в [E], [JOUX] -
сопоставлен с [X]. [X] соответствует только самому себе для всей программы.

Выравнивание ввода A2M можно преобразовать в указанный выше формат, используя
/ usr / share / freecontact / a2m2aln. a2m2aln можно использовать для непосредственной прокладки трассы
в свободный контакт.

XML XML-документ с однимhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
элемент, определенный в схеме FreeContact [4], производной от BioXSD [5].

Пример: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Результат
Исходный выходной формат EVfold-mfDCA или PSICOV используется по умолчанию, когда соответствующий
выбран профиль параметра.

Evfold (EVfold-mfDCA)
5 К 6 л 0.332129 3.59798
| | | | | + исправленная норма контакта (CN)
| | | | + оценка взаимной информации (MI)
| | | + контактный код аминокислотного остатка
| | + номер остатка контакта
| + контактный код аминокислотного остатка
+ номер остатка контакта

Контакты отсортированы по номерам остатков.

pfrmat_rr (ПСИКОВ)
Формат прогноза разделения остатков-остатков CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + контактный счет
| | + - + диапазон [Å] расстояния Cb-Cb, предсказанный для пары остатков
| | (C-альфа для глицинов)
| | Эти два поля неизменны в выводе.
| + номер остатка контакта
+ номер остатка контакта

Контакты отсортированы по рейтингу, по убыванию.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi? page = format>

биоксд
XML-документ с однимhttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
элемент, определенный в схеме FreeContact [4], производной от BioXSD [5].

Пример: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Примечание: поскольку BioXSD находится в стадии активной разработки в сотрудничестве с FreeContact,
Схема FreeContact может быть получена из версии, еще не доступной в [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

В выводе могут быть не все возможные контакты.

Ссылки

Поданный. FreeContact: быстрое и бесплатное прямое прогнозирование контакта с остатками.
Каян Л., Сустик М.А., Маркс Д.С., Хопф Т.А., Калаш М., Рост Б.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-a [--threads] arg
Используемые потоки [0-). 0 означает столько же ядер.

--apply-gapth аргумент
Если задано значение true, исключить столбцы остатков и строки с взвешенной частотой пропусков> --пробел
из ковариационной матрицы [Boolean].

-c [--clustpc] аргумент
Процент кластеризации BLOSUM [0–100].

--cov20 аргумент
Если это так, оставьте одну аминокислоту вне ковариационной матрицы, чтобы она не была переопределена.
[Логическое].

-d [- плотность] аргумент
Плотность матрицы целевой точности [0-1]. Установленный 0 не контролировать плотность.

--отлаживать
Включите отладку.

--estimate-ivcov аргумент
Используйте оценку обратной ковариационной матрицы вместо инверсии матрицы [Boolean].

-f [--ali] arg (= -)
Файл выравнивания [путь]. Если '-', стандартный ввод. Дефолт: '-'.

-g [--gapth] arg
Порог взвешенной частоты пропуска (0-1).

-h [--help]
Создайте это справочное сообщение.

-i [--input-format] аргумент (= плоский)
Формат ввода [плоский | xml].

--icme-timeout arg (= 1800)
Таймаут оценки обратной ковариационной матрицы в секундах [0-). Применяется к каждой версии
звоните самостоятельно. В случае тайм-аута программа завершает работу со статусом 2.

--mincontsep аргумент
Минимальное разделение пар контактирующих остатков по последовательности, указанное в аминокислотах как
(ji> = arg). 1 для соседних остатков. [1-).

-o [--output-format] аргумент
Формат вывода [evfold | pfrmat_rr | bioxsd].

--parprof arg (= по умолчанию)
Профиль параметров (необязательно) [по умолчанию | evfold | psicov]. Профиль по умолчанию - Evfold.

Аргументы командной строки могут использоваться для переопределения значений профиля.

Evfold
Запускает режим совместимости EVfold-mfDCA [1].

Псиков
Запускает режим совместимости с PSICOV [2].

Псиков-СД
Запускает PSICOV [2] разумный режим по умолчанию: фиксированный rho по умолчанию, без контроля плотности.

-w [--pscount-weight] arg
Вес псевдосчета [0-1].

-p [--pseudocnt] arg
Псевдосчет [0-).

--пеп
Вывести эффективные параметры по стандартной ошибке. Используйте эту опцию, чтобы узнать, какие параметры
свободный контакт(1) подробно рассматривается. Это особенно полезно, когда --парпроф
опция используется в сочетании с другими опциями.

--ро аргумент
Начальное значение параметра регуляризации Глассо [0-). Если отрицательный, выберите значение
автоматически.

--quiet arg (= 0)
Ничего не печатайте, кроме сообщений об ошибках при стандартной ошибке. Не влияет --отлаживать.

--veczw аргумент
Используйте векторизованное взвешивание последовательности, если доступно [Boolean].

--версия
Версия для печати.

ВЫХОД статус

0 Нет ошибки - успех.

1 Неопределенная ошибка.

2 Тайм-аут (см. --icme-тайм-аут) произошло.

ПРИМЕРЫ

/ usr / share / freecontact / a2m2aln --query '^ RASH_HUMAN / (\ d +)' <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
freecontact --parprof evfold> PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml'> PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov </usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln> demo_1000.psicov

ПРИМЕЧАНИЯ

Для оптимальной производительности используйте программу автоматической настройки линейной алгебры (ATLAS).
библиотека скомпилированный on домен машина где запускается freecontact.

Используйте freecontact онлайн с помощью сервисов onworks.net