Это команда gaeval, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gaeval - рассчитать показатели охвата и целостности для генных моделей на основе транскрипции
выравнивание
СИНТАКСИС
гэваль [кредита] выравнивания.gff3 гены.gff3 [Moregenes.gff3 ...]
ОПИСАНИЕ
Основные варианты:
-h| --help
распечатайте это справочное сообщение и выйдите
-v| --version
распечатать номер версии и выйти
Веса для расчета оценки целостности (в сумме должно быть до 1.0):
-a| --alpha: ДВОЙНОЙ
подтвержденные интроны или% ожидаемой длины CDS для одноэкзонных генов; по умолчанию 0.6
-b| --beta: ДВОЙНОЙ
покрытие экзонов; по умолчанию 0.3
-g| --gamma: ДВОЙНОЙ
% ожидаемой длины UTR 5 футов; по умолчанию 0.05
-e| --epsilon: ДВОЙНОЙ
% ожидаемой длины UTR 3 футов; по умолчанию 0.05
Ожидаемая длина функций для расчета оценки целостности:
-c| --exp-cds: INT
ожидаемая длина CDS (в п.н.); по умолчанию 400
-5| --exp-5putr: ИНТ
ожидаемая длина UTR 5 футов; по умолчанию 200
-3| --exp-3putr: ИНТ
ожидаемая длина UTR 3 футов; по умолчанию 100
Используйте gaeval онлайн с помощью сервисов onworks.net
