Это команда gamgi, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gamgi - графический интерфейс общего атомистического моделирования
СИНТАКСИС
гамги [файл_1.xml] ... [файл_n.xml]
ОПИСАНИЕ
гамги представляет собой компьютерный пакет для построения, просмотра и анализа атомных структур.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
файл_n.xml это полное имя, например:
../dat/молекула/вкусы/чеснок.xml
~ / gamgi / dat / молекула / ароматы / garlic.xml
http://www.gamgi.org/dat/molecule/flavors/garlic.xml
ftp://ftp.gamgi.org/gamgi/dat/molecule/flavors/garlic.xml
Данные объекта и конфигурации могут быть смешаны, поэтому файл_1.xml может быть файл настроек, загруженный
перед другими объектными файлами. Чтобы автоматизировать процедуру, просто добавьте строку как это в
~ / .bashrc:
псевдоним gamgi = 'gamgi ~ / gamgi / my_defaults.xml'
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА
GAMGI_HELP
Задайте эту переменную, чтобы GAMGI знал, где находятся файлы справочной документации. Для
например, добавьте строку как это в ~ / .bashrc :
GAMGI_HELP =~ / gamgi / gamgi / doc; экспорт GAMGI_HELP
GAMGI_TEXT
Задайте эту переменную, чтобы GAMGI узнал, где находятся файлы .ttf DejaVu для рендеринга
сплошные шрифты. Например, добавьте такую строку в ~ / .bashrc:
GAMGI_TEXT =~ / gamgi / gamgi / src / io / шрифты; экспорт GAMGI_TEXT
Браузер
Задайте эту переменную, чтобы GAMGI знал, какой браузер запускать, если он выбран.
читать Help. Например, добавьте такую строку в ~ / .bashrc:
БРАУЗЕР = firefox; экспорт Браузер
ПОМОГИТЕ
Прочтите вводную информацию с помощью Help-> Start. Просмотрите документацию на
http://www.gamgi.org/ или его локальную копию по адресу gamgi / doc /. Воспользуйтесь воссоединенными механизмами помощи
под кнопкой «Справка». Подпишитесь на рассылку[электронная почта защищена]>.
Связаться с автором по адресу[электронная почта защищена]>.
Для всех интерфейсов и форматов длины указаны в ангстремах, углы - в градусах и
десятичные числа представлены точками. Каждый параметр, который может быть определен в
интерфейс также может быть определен в файле и наоборот.
ИНТЕРФЕЙСЫ
Вращайте, перемещайте, масштабируйте выбранный объект, нажимая левую, среднюю и правую кнопку мыши.
Экспортируйте выбранный объект, выбрав Файл-> Экспорт. В строке состояния отображается выбранный объект.
(слева) и слой (справа).
Чтобы выделить объект, выберите «Объект-> Выбрать» и нажмите на объект. Или выберите объект
в меню выше средней кнопкой перед нажатием на объект. Или нажмите
дважды Layer, Window или GAMGI в меню выше. Когда объект не имеет визуального
представления, нажмите мышью на графическую область, чтобы открыть меню.
Чтобы выбрать слой, выберите Layer-> Select и нажмите мышью на графическую область, чтобы открыть
вверх по меню. Или выберите класс слоя в меню выше с помощью средней кнопки перед
нажатие мыши на графическую область, чтобы открыть меню.
Для твердых объектов обычно требуются источники света с диффузными и зеркальными компонентами.
представлены в трехмерном пространстве, в остальном они выглядят плоскими. Связанные объекты не имеют 3D
представление, поэтому рассеянный и зеркальный свет не отражается, становясь плохо видимым
при использовании света, если не используется значительный внешний компонент. Часто стоит
рисовать сплошные и проволочные объекты на разных слоях, с подсветкой и без.
Когда открыто диалоговое окно задачи, чтобы узнать, как оно работает, просто выберите Help-> Current и другое.
Появится диалоговое окно, объясняющее значение всех параметров в диалоговом окне задачи.
Чтобы увидеть подробные объяснения интерфейсов GAMGI, обратитесь к справочному руководству по адресу
http://www.gamgi.org/interfaces/reference.html, документ / интерфейсы / reference.html or
Помощь-> Тема-> Интерфейсы.
ФОРМАТЫ
GAMGI может импортировать файлы в .xyz и . Xml собственный формат, автоматически выбираемый файлом
расширение. GAMGI может экспортировать файлы в .ps, .ppm, .jp [e] g, . Png, .tif [f], .x3d и родной
. Xml форматы, выбираемые автоматически по расширению файла.
В собственном формате XML GAMGI молекула воды может быть описана как:
Чтобы увидеть подробные объяснения форматов GAMGI, обратитесь к справочному руководству по адресу
http://www.gamgi.org/formats/reference.html, документ / форматы / reference.html or
Помощь-> Тема-> Форматы.
ПРИМЕРЫ
Выберите Help-> Tutorials, чтобы получить список полностью описанных процедур, иллюстрирующих большинство
аспекты работы с GAMGI.
Используйте gamgi онлайн с помощью сервисов onworks.net
