Это команда gap4, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gap4 - Программа сборки генома (часть пакета staden)
СИНТАКСИС
gap4 [-ро] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [БАЗА_ДАННЫХ.V]
ОПИСАНИЕ
Gap4 - это программа сборки генома. Программа содержит все инструменты, которые будут
ожидаемый от программы сборки плюс множество уникальных функций и очень простой в использовании
интерфейс. Первоначальная версия была описана у Bonfield, JK, Smith, KF и Staden, R. А
новая программа сборки последовательности ДНК. Nucleic Acids Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap4 очень большой и мощный. Каждый использует подмножество вариантов и имеет свои
любимый способ доступа к ним и их использования. Хотя их много, пользователи
рекомендуется просмотреть всю документацию один раз, просто чтобы узнать, что
возможно, и способом, который лучше всего подходит для их собственной работы. По крайней мере, все это
Вводную главу следует прочитать, так как в конечном итоге это сэкономит время.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-ро Только для чтения
-maxseq N
Начальная максимальная общая длина консенсуса
-maxdb N
Начальное максимальное количество контигов + чтения
- (no_) проверить
(Не) запускать Проверку базы данных при открытии БД
- (no_) exec_notes
(Не) выполнять примечания ОТКРЫТЬ / ЗАКРЫТЬ при открытии базы данных
- (no_) rawdata_note
(Не) используйте RAWD note вместо RAWDATA env. Переменная
- (no_) csel
(Не) запускать селектор контигов при открытии базы данных
-дисплей
X Display для использования
-размер N
Определяет размер файла aux в битах для новых баз данных (32/64)
-синхронизация Использовать синхронный режим для сервера отображения (отладка)
-- Конец списка аргументов
Используйте gap4 онлайн с помощью сервисов onworks.net
