Это команда geom, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
geom - анализирует входную геометрию молекулы в декартовых координатах.
ОПИСАНИЕ
Программа геом считывает набор декартовых координат и определяет по ним связь
расстояния (Бора и Ангстрема), валентные углы, крутильные углы, отклонения от плоскости
(необязательно), моменты инерции и постоянные вращения.
FILES ТРЕБУЕТСЯ
input.dat - Входной файл
и одно из следующих:
geom.dat - файл геометрии
file11.dat - файл геометрии / градиента в формате PSI
FILES СОЗДАНО
geom.out - файл, содержащий анализ
ВХОД ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Ассоциация геом В программе есть следующие возможности:
-h Распечатать справочную информацию (эти параметры).
-кусы [имя файла]
Прочтите ввод в формате вывода ACES, где каждая строка состоит из атомарных
символ, атомный номер и декартовы координаты (по Бору). Необязательный аргумент
это имя входного файла геометрии, по умолчанию геом.дат.
-qchem [имя файла]
Прочтите ввод в формате вывода QCHEM, где каждая строка состоит из атома
число, атомный символ и декартовы координаты (в Ангстремах). Необязательный
Аргумент - это имя входного файла геометрии, по умолчанию геом.дат.
-xyz [имя файла]
Прочтите ввод в формате вывода XYZ. Первая строка содержит количество
атомов, а вторая строка - это строка комментария. Каждая из последующих строк содержит
атомный символ и декартовы координаты XY и Z (в Ангстремах). Необязательный
Аргумент - это имя входного файла геометрии, по умолчанию геом.дат.
-ой Распечатайте углы вне плоскости, где угол abcd определяется как угол, образованный
вектором ad и плоскостью, определяемой атомами b, c и d.
ДО_ООП = логический
То же, что и параметр командной строки -oop, описанный выше.
ИЗОТОПЫ = матрица of реалы / строки
Используется для указания масс, которые будут использоваться при вычислении центра масс и
постоянные вращения. Для каждого рассчитываемого изотопомера предоставляется один массив.
Массивы могут смешивать числа с плавающей запятой со строками, обозначающими изотопы.
Если этот массив не указан и присутствует file11.dat, то массы будут
полученный преобразованием атомных чисел в file11. Если массы не заданы
ИЗОТОПЫ или по файлу11, то массовые величины вычисляться не будут.
-g [имя файла]
Считайте декартовы координаты из файла, отличного от file11.dat. Если имя файла не
Учитывая, что по умолчанию используется geom.dat. Предполагается, что альтернативный файл имеет формат
аналогично файлу geom.dat от PSI. Поскольку такие файлы не содержат атомных номеров,
моменты инерции и вращательные постоянные не рассчитываются, если эта опция
используется.
ЧИТАТЬ_GEOM = логический
Эта опция в input.dat сообщает геом читать геометрию из geom.dat в PSI
формат geom.dat.
-a Вывести параметры для всех парных расстояний.
PRINT_ALL_DIST = логический
То же, что и флаг -a, описанный выше.
-d расстояние
Печатать только параметры, включающие пары атомов, размер которых меньше расстояние Бора
отдельно (значение по умолчанию - 4.0 бора).
PRINT_DISTANCE = ценностное
То же, что и флаг -d, описанный выше.
-ангстрем
Входные координаты указаны в ангстремах, а не в борах.
ангстрем = логический
If ИСТИНА, входные координаты указаны в ангстремах, а не в борах. По умолчанию
НЕПРАВДА.
Следующий пример предназначен для расчета геометрической информации для воды с
несколько разных изотопов. Геометрия читается из geom.dat, а не из
файл11.dat.
Геом: (
read_geom = правда
изотопы = (
(ОХ)
(СТРАННЫЙ)
(О18 1.007825 1.007825)
))
5 июня 1998 геом(1)
Используйте geom онлайн с помощью сервисов onworks.net
