Это команда gff2ps, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gff2ps - производит графический вывод PostScript из файлов GFF.
СИНТАКСИС
gff2ps [параметры] - gff_files
ОПИСАНИЕ
Эта программа рисует цветные точечные диаграммы из файлов с полями данных в формате gff. В
программа принимает в качестве входных данных аннотированные особенности геномной последовательности в формате GFF, и
производит визуальный вывод в PostScript.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-h Показать сводку опций.
-H
Показывает только справку для указанной опции.
-V Подробный режим, полный отчет отправляется при стандартной ошибке (по умолчанию отправляется только
Предупреждения).
-v Тихий режим: отключить все предупреждения, сообщения стандартной ошибки не отправляются.
-d Записать (или переписать, если он существует) пользовательский файл по умолчанию.
-D
Создайте новый пользовательский файл по умолчанию с заданным именем файла.
-C
Загрузите указанный пользовательский файл и добавьте его в пользовательский файл по умолчанию (.gff2psrc).
-s
Полезно для изменения размера страницы (по умолчанию a4).
-p Переключает ориентацию страницы на книжную (по умолчанию - альбомная).
-G
Устанавливает цвет для FOREGROUND (по умолчанию черный).
-g
Устанавливает цвет для ФОНА (по умолчанию белый).
-P <#> Устанавливает, сколько страниц необходимо для разделения вывода (по умолчанию - одна).
-S <#> Увеличьте масштаб первого нуклеотида (по умолчанию - начало последовательности).
-E <#> Увеличить масштаб последнего нуклеотида (по умолчанию длина последовательности).
-B <#> Устанавливает блоки на страницу (по умолчанию - один).
-N <#> Устанавливает количество нуклеотидов на строку (по умолчанию это самая большая позиция последовательности из входных gff-
файлы).
-b Блокирует слева направо и сверху вниз (по умолчанию сначала сверху вниз).
-L Отключите заголовок (область заголовка).
-T
Определение заголовка (по умолчанию вводится имя файла gff).
-t
Определение субтитров (по умолчанию нет).
-l Не показывает нумерацию страниц.
-O Не показывает дату.
-o Время не показывает.
-M <#> Количество основных отметок в строке (по умолчанию 10).
-K <#> Шкала основных отметок в нуклеотидах, по умолчанию - длина нуклеотидов для строк.
делится на количество основных отметок (см. опцию -T).
-m <#> Количество второстепенных отметок между основными отметками (по умолчанию 10).
-k <#> Шкала второстепенных отметок в нуклеотидах по умолчанию - это размер основных отметок, деленный на
второстепенное количество отметок (см. опцию -t).
-ш, -f Отключить отображение прямых (Watson) элементов.
-с, -r Отключить отображение элементов с обратной прядью (крик).
-i Отключить отображение независимых от нити элементов.
-0
Устанавливает цвет рамки «0» (по умолчанию синий).
-1 Устанавливает цвет рамки «1» (по умолчанию красный).
-2 Устанавливает цвет рамки «2» (по умолчанию зеленый).
-3 Устанавливает цвет рамки "." (по умолчанию оранжевый).
-n Отключите метки для позиций элементов.
-a Отключите линию CopyRight на графике.
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА ПЕРЕМЕННЫЕ
Есть три переменные среды, которые могут быть установлены пользователями по своему усмотрению:
+ Вы можете указать путь, по которому GFF2PS может найти файлы по умолчанию с оболочкой
переменная "GFF2PS_CFDIR". Значение по умолчанию - это путь, по которому вы запускаете GFF2PS.
+ Вы также можете определить имя файла по умолчанию, которое вам нравится, с помощью переменной
«GFF2PS_CUSTOMFILE», имя файла программы по умолчанию для пользовательского файла - «.gff2psrc».
+ GFF2PS необходимо записать несколько временных файлов в каталог с разрешениями для текущего
пользователь читать и писать. Путь к временному каталогу по умолчанию установлен на "/ tmp /" но ты можешь
назначьте другой путь к временному каталогу с помощью переменной «GFF2PS_TMP».
Установка этих переменных в Bourne-shell (bash):
экспорт GFF2PS_CFDIR = "путь"
экспорт GFF2PS_CUSTOMFILE = "имя_файла"
экспорт GFF2PS_TMP = "путь"
Использование C-Shell (csh):
setenv GFF2PS_CFDIR "путь"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "имя_файла"
setenv GFF2PS_TMP "путь"
КОММЕНТАРИИ
* Определены следующие цвета:
Основные цвета: черный белый
Переменные цвета: серый, пурпурный, фиолетовый, синий, голубой, голубой, морской, зеленый, зеленый, лайм, желтый.
оранжевый красный коричневый
Вы можете получить пять цветовых оттенков из Variable Colors с «очень темным», «темным», «светлым» и
«очень легкие» приставки. Пример: очень темныйзеленый темныйзеленый морской зеленый светзеленый
очень светлый
* Определены следующие размеры страницы:
От A0 до A10, от B0 до B10, 10x14, исполнительный, фолио, бухгалтерская книга, юридический, письмо, кварт,
заявление и таблоид.
Используйте gff2ps онлайн с помощью сервисов onworks.net
