Это команда glam2, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
glam2 - Локальное выравнивание мотивов с пробелами
СИНТАКСИС
гламур2 [кредита] алфавит my_seqs.fa
Алфавит, отличный от p or n интерпретируется как имя файла с алфавитом.
ОПИСАНИЕ
GLAM2 - это программный пакет для поиска мотивов в последовательностях, обычно аминокислотных или
нуклеотидные последовательности. Мотив - это повторяющийся паттерн последовательности: типичными примерами являются
ТАТА-бокс и мотив пренилирования CAAX. Главное нововведение GLAM2 в том, что он позволяет
вставки и удаления в мотивах.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ (ДЕФОЛТ НАСТРОЙКИ)
-h
Показать все параметры и их настройки по умолчанию.
-o
Выходной файл (стандартный вывод).
-r
Количество проходов выравнивания (10).
-n
Завершать каждый прогон после такого количества итераций без улучшения (10000).
-2
Изучите обе нити - прямое и обратное дополнение.
-z
Минимальное количество последовательностей в выравнивании (2).
-a
Минимальное количество выровненных столбцов (2).
-b
Максимальное количество выровненных столбцов (50).
-w
Начальное количество выровненных столбцов (20).
-d
Напильник для смеси Дирихле.
-D
Псевдосчет для удаления (0.1).
-E
Псевдосчет без удаления (2.0).
-I
Псевдосчет вставки (0.02).
-J
Псевдосчет без вставки (1.0).
-q
Вес для общего количества остатков по сравнению с определенным набором последовательностей (1e + 99).
-t
Начальная температура (1.2).
-c
Коэффициент охлаждения за n итераций (1.44).
-u
Нижняя граница температуры (0.1).
-p
Печатать информацию о ходе выполнения на каждой итерации.
-m
Количество перемещений при отборе проб из колонки на одно перемещение при отборе проб на месте (1.0).
-x
Алгоритм выборки сайтов: 0= БЫСТРО 1= МЕДЛЕННО 2= БПФ (0).
-s
Начальное число псевдослучайных чисел (1).
Используйте glam2 онлайн с помощью сервисов onworks.net
