Это команда glam2scan, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
glam2scan - находит мотив GLAM2 в базе данных
СИНТАКСИС
глэм2скан [кредита] алфавит my_motif.glam2 my_seqs.fa
Алфавит, отличный от p or n интерпретируется как имя файла с алфавитом.
ОПИСАНИЕ
глэм2скан находит совпадения в базе данных последовательностей с мотивом, обнаруженным гламур2. Каждый
Матч получает оценку, указывающую, насколько хорошо он соответствует мотиву.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ (ДЕФОЛТ НАСТРОЙКИ)
-h
Показать все параметры и их настройки по умолчанию.
-o
Выходной файл (стандартный вывод).
-n
Количество выравниваний для отчета (25).
-2
Изучите обе нити - прямое и обратное дополнение.
-D
Псевдосчет для удаления (0.1).
-E
Псевдосчет без удаления (2.0).
-I
Псевдосчет вставки (0.02).
-J
Псевдосчет без вставки (1.0).
-d
Напильник для смеси Дирихле.
Используйте glam2scan онлайн с помощью сервисов onworks.net
