Это команда gmap_build, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmap_build - Инструмент для создания базы данных генома для GMAP или GSNAP
СИНТАКСИС
gmap_build [кредита...] -d
ОПИСАНИЕ
gmap_build: создает базу данных gmap для генома, который будет использоваться GMAP или GSNAP. Часть GMAP
пакет, версия 2015.
Упрощенная альтернатива использованию программы gmap_setup, которая создает Makefile.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-D, --дир=STRING
Целевой каталог для установки (по умолчанию это каталог gmapdb, указанный в
настроить время)
-d, --дб=STRING
Имя генома
-n, - имена=STRING
Замените имена хромосом, указанные в файле. В файле должен быть один
строка для каждого имени хромосомы, которое необходимо изменить, с исходным именем FASTA в столбце
1 и желаемое имя хромосомы в столбце 2. Это позволяет легко изменить
названия хромосом, например, для добавления или удаления префикса «chr». Колонка 2
может быть пустым, что означает отсутствие изменения имени. Этот файл также можно комбинировать с
--Сортировать=имена чтобы обеспечить определенный порядок хромосом в индексе генома.
-M, --mdflag=STRING
Используйте файл MD из NCBI для сопоставления контигов с координатами хромосомы
-C, --contigs-сопоставлены
Найдите хромосомную область в каждой строке заголовка FASTA. Полезно для контигов, у которых есть
были сопоставлены с хромосомными координатами. Игнорируется, если --mdflag предоставлен.
-z, - сжатие=STRING
Использовать заданные типы сжатия (разделенные запятыми; по умолчанию bitpack64) bitpack64 -
оптимизирован для современных компьютеров с инструкциями SIMD (рекомендуется) все - создать
все доступные типы сжатия, в настоящее время bitpack64 нет - смещение не сжимать
файлы (я считаю, что это больше не поддерживается)
-k, --кмер=INT
Значение k-мер для геномного индекса (разрешено: 15 или меньше, по умолчанию 15)
-q Интервал выборки INT для генома (разрешено: 1-3, по умолчанию 3)
-s, --Сортировать=STRING
Сортировка хромосом с использованием данного метода: нет - использовать хромосомы, как указано в FASTA
file (s) alpha - отсортировать хромосомы по алфавиту (chr10 до chr 1) numeric-alpha
- хр1, хр1У, хр2, хрМ, хру, хрХ, хрY хром - хр1, хр2, хрМ, хрХ, хрY,
chr1U, chrU names - сортировать хромосомы на основе файла, предоставленного в - имена флажок
-g, --gunzip
Файлы заархивированы с помощью gzip, поэтому сначала нужно распаковать каждый файл.
-E, - фаста-трубка=STRING
Интерпретировать аргумент как команду, а не как список файлов FASTA
-w INT Ждать (спать) столько секунд после каждого шага (по умолчанию 2)
-c, - круговой=STRING
Круглые хромосомы (список хромосом, разделенных запятой, либо
имя файла, содержащее круговые хромосомы, по одной в каждой строке). Если вы используете - имена
функции, то вам следует использовать исходное имя хромосомы, а не
замените имя для этой опции.
-e, --nсообщения=INT
Максимальное количество сообщений (предупреждений, отчетов о контигах) для отчета (по умолчанию 50)
--build-sarray=INT
Следует ли создавать массив суффиксов: 0 = нет, 1 = да (по умолчанию)
Устаревший опции:
-T STRING
Временный каталог сборки (может потребоваться указать, если в вашем
текущий каталог) В этом больше нет необходимости, так как gmap_build теперь строит
прямо в пункте назначения (или -D) каталог.
Другие инструменты пакета GMAP находятся в / usr / lib / gmap.
Используйте gmap_build онлайн с помощью сервисов onworks.net