Это команда gmod_fasta2gff3.plp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
$ O - преобразовать FASTA в простой GFF3
СИНОПСИС
% $ O [параметры]
КОМАНДНАЯ СТРОКА ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
--fasta_dir Каталог содержит файлы fasta
(по умолчанию: ./fasta)
--gfffilename Имя создаваемого файла GFF3
(по умолчанию: ./out.gff)
- введите тип SO для назначения каждой функции
(по умолчанию: EST)
--source Текст для отображения в исходном столбце
(дефолт: .)
--attributes Дополнительные пары тег = значение для отображения в столбце 9
--nosequence Подавить раздел ## FASTA (т. е. не
распечатать последовательности ДНК)
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт просто берет набор файлов fasta и преобразует их в простой GFF3.
подходит для загрузки в чадо.
АВТОРЫ
Скотт Кейн[электронная почта защищена]>
Авторское право (c) 2006
Эта библиотека является бесплатным программным обеспечением; вы можете распространять его и / или изменять под тем же
термины как сам Perl.
Используйте gmod_fasta2gff3.plp в Интернете с помощью сервисов onworks.net