Это команда gmt-music-приближение, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmt music близость - Выполните анализ близости по списку мутаций.
Версия
В этом документе описывается версия 0.04 для музыки gmt (2016, 01:01:23)
СИНТАКСИС
gmt музыкальная близость --maf-file =? --output-file =? --output-dir =? [--max-близость =?]
[--skip-некодирование] [--skip-silent]
... музыкальная близость \
--maf-файл каталог_входа / myMAF.tsv \
--output-dir выходной_директор / \
--макс-близость 15
ТРЕБУЕТСЯ АРГУМЕНТЫ
maf-файл Текст
Список мутаций с использованием спецификаций TCGA MAF v2.3
выходной файл Текст
TODO
выходной каталог Текст
Каталог, в который будут записываться выходные файлы
ДОПОЛНИТЕЛЬНО АРГУМЕНТЫ
максимальная близость Текст
Максимально допустимое расстояние AA между 2 мутациями
Значение по умолчанию '7', если не указано
пропустить без кодирования Логический
Пропустить некодирующие мутации из предоставленного файла MAF
Значение по умолчанию "истина", если не указано
носкип-некодирование Логический
Сделайте пропуск без кодирования 'false'
молчать Логический
Пропустить тихие мутации из предоставленного файла MAF
Значение по умолчанию "истина", если не указано
носкип-тихий Логический
Сделайте пропуск молчания "ложным"
ОПИСАНИЕ
Этот модуль сначала вычисляет аминокислотную позицию каждой мутации в файле MAF.
в соответствующей стенограмме. Затем для каждой мутации вычисляются два значения: 1)
количество других мутаций в том же транскрипте в пределах предела близости, установленного
макс. входной параметр близости, и 2) расстояние до ближайшей другой мутации в этом
рядом установлен. Сообщается только о мутациях, которые имеют другую мутацию в непосредственной близости
в выходном файле.
Помимо стандартных заголовков MAF версии 2.3, необходимо добавить 3 столбца.
Эти заголовки столбцов в MAF должны иметь эти имена в заголовке, чтобы инструмент
найти их:
transcript_name - имя транскрипта, например NM_000028 amino_acid_change - амино
кислотная замена, например p.R290H
c_position - положение нуклеотида изменилось, например c.869
Вывод формируется со следующими заголовками столбцов: Mutations_Within_Proximity,
Ближайшая_мутация, Ген, Транскрипт, Затронутые_амино-кислоты, Chr, Старт, Стоп, Ref_Allele,
Var_Allele, образец
АВТОРЫ
Натан Д. Дис, доктор философии.
Дэн Кобольдт, MS
Сириак Кандот, доктор философии
Используйте gmt-music-приближение онлайн с помощью сервисов onworks.net
