gmx_d - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx - пакет для моделирования молекулярной динамики

СИНТАКСИС

гмкс [- [нет] ч] [- [нет] тихо] [- [нет] версия] [- [нет] авторских прав] [-отлично ]
[- [нет] резервной копии]

ОПИСАНИЕ

GROMACS - это полнофункциональный набор программ для моделирования молекулярной динамики,
т.е. моделировать поведение систем с сотнями и миллионами частиц, используя
Ньютоновы уравнения движения. Он в основном используется для исследования белков, липидов и
полимеры, но могут применяться в самых разных химических и биологических исследованиях
вопросы.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Другие варианты:

- [нет] ч (Нет)
Распечатать справку и выйти

- [нет] тихо (Нет)
Не печатайте общую информацию о запуске или цитаты

- [нет] версия (Нет)
Распечатать информацию о расширенной версии и выйти

- [нет] авторских прав (да)
Распечатать информацию об авторских правах при запуске

-отлично (19)
Установите хороший уровень (по умолчанию зависит от команды)

- [нет] резервной копии (да)
Записывать резервные копии, если файлы вывода существуют

GMX КОМАНДЫ

Доступны следующие команды. Пожалуйста, обратитесь к их отдельным страницам руководства или GMX
помощь .

траектория анализ
gmx-банда(1)
Рассчитать углы

gmx-расстояние(1)
Вычислить расстояния между парами позиций

gmx-свободный объем(1)
Рассчитать свободный объем

gmx-pairdist(1)
Вычислить попарные расстояния между группами позиций

GMX-RDF(1)
Вычислить функции радиального распределения

GMX-SASA(1)
Вычислить доступную для растворителя площадь поверхности

GMX-выбрать(1)
Распечатать общую информацию о выбранных вариантах

Порождающий топологии и координаты
gmx-editconf(1)
Отредактируйте поле и напишите подгруппы

gmx-x2top(1)
Сгенерируйте примитивную топологию из координат

gmx-сольват(1)
Решить систему

gmx-вставка-молекулы(1)
Вставьте молекулы в существующие вакансии

gmx-genconf(1)
Умножьте конформацию в "случайных" ориентациях

GMX-Genion(1)
Генерировать одноатомные ионы на энергетически выгодных позициях

gmx-жанр(1)
Создание ограничений положения или ограничений расстояния для индексных групп

gmx-pdb2gmx(1)
Преобразование файлов координат в файлы координат, совместимые с топологией и FF

Бег a моделирование
gmx-громпп(1)
Создайте файл ввода для запуска

gmx-mdrun(1)
Выполните моделирование, проведите анализ в нормальном режиме или минимизируйте энергию

gmx-конвертировать-tpr(1)
Сделайте измененный файл запуска-ввода

Просмотр траектории
gmx-nmtraj(1)
Создайте виртуальную колеблющуюся траекторию из собственного вектора

GMX-просмотр(1)
Просмотр траектории на терминале X-Windows

Обработка силы
GMX-климат(1)
Извлечь энергетическую матрицу из энергетического файла

GMX-Energy(1)
Записывает энергию в файлы xvg и отображает средние значения

gmx-mdrun(1)
(Re) вычислить энергии для фреймов траектории с -rerun

преобразование файлов
gmx-editconf(1)
Преобразование и управление файлами структуры

gmx-eneconv(1)
Конвертируйте энергетические файлы

GMX-сигепс(1)
Преобразование комбинаций c6 / 12 или c6 / cn в сигму / эпсилон и обратно

gmx-trjcat(1)
Объединить файлы траектории

gmx-trjconv(1)
Преобразование и управление файлами траектории

gmx-xpm2ps(1)
Преобразование матриц XPM (XPixelMap) в PostScript или XPM

Инструменты
gmx-analyse(1)
Анализируйте наборы данных

GMX-Dyndom(1)
Интерполировать и экстраполировать повороты структуры

gmx-фильтр(1)
Траектории частотного фильтра, полезные для создания плавных фильмов

GMX-ложь(1)
Оцените свободную энергию из линейных комбинаций

GMX-морф(1)
Линейная интерполяция между конформациями

gmx-pme_error(1)
Оцените ошибку использования PME с заданным входным файлом

gmx-притворство(1)
Вычислить свободные энергии или другие гистограммы из гистограмм

gmx-пространственный(1)
Вычислить функцию пространственного распределения

GMX-Traj(1)
График x, v, f, прямоугольник, температура и энергия вращения из траекторий

gmx-tune_pme(1)
Время mdrun как функция рангов PME для оптимизации настроек

gmx-бам(1)
Выполните взвешенный анализ гистограммы после зонтичной выборки

GMX-проверка(1)
Проверить и сравнить файлы

gmx-дамп(1)
Сделайте двоичные файлы удобочитаемыми

gmx-make_ndx(1)
Сделать индексные файлы

gmx-mk_angndx(1)
Создать индексные файлы для 'gmx angle'

GMX-Trjorder(1)
Упорядочивайте молекулы в соответствии с их расстоянием до группы.

gmx-xpm2ps(1)
Преобразование матриц XPM (XPixelMap) в PostScript или XPM

Расстояния между структур
gmx-кластер(1)
Кластерные структуры

gmx-подтверждения(1)
Подбираем две конструкции и вычисляем RMSD

GMX-RMS(1)
Расчет среднеквадратичных отклонений с использованием эталонной структуры и матриц среднеквадратичных отклонений.

GMX-RMSF(1)
Рассчитать атомные флуктуации

Расстояния in структур за время
GMX-Мидист(1)
Рассчитайте минимальное расстояние между двумя группами

GMX-MDMAT(1)
Рассчитать карты контактов остатков

gmx-полистат(1)
Расчет статических свойств полимеров

gmx-rmsdist(1)
Рассчитайте расстояния между парами атомов, усредненные со степенью -2, -3 или -6.

Масса распределение свойства за время
GMX-вращение(1)
Рассчитать радиус вращения

GMX-MSD(1)
Вычисляет среднеквадратичные смещения

gmx-полистат(1)
Расчет статических свойств полимеров

GMX-RDF(1)
Вычислить функции радиального распределения

GMX-Rotacf(1)
Вычислить вращательную корреляционную функцию для молекул

GMX-Rotmat(1)
Постройте матрицу вращения для подгонки к опорной структуре

GMX-SANS(1)
Вычислить спектры малоуглового рассеяния нейтронов

GMX-саксофоны(1)
Вычислить спектры малоуглового рассеяния рентгеновских лучей

GMX-Traj(1)
График x, v, f, прямоугольник, температура и энергия вращения из траекторий

GMX-Vanhove(1)
Вычислить смещения Ван Хова и корреляционные функции

Анализируя связанный взаимодействие
gmx-угол(1)
Вычислить распределения и корреляции для углов и двугранных углов.

gmx-mk_angndx(1)
Создать индексные файлы для 'gmx angle'

Структурный свойства
GMX-Anadock(1)
Кластерные структуры из Autodock Run

gmx-связка(1)
Анализируйте связки осей, например спирали.

gmx-clustertsize(1)
Рассчитать распределение атомных кластеров по размерам

GMX-Disre(1)
Анализируйте ограничения на расстояние

gmx-hbond(1)
Вычислить и проанализировать водородные связи

gmx-порядок(1)
Вычислить параметр порядка на атом для углеродных хвостов

GMX-принципал(1)
Вычислить главные оси инерции для группы атомов

GMX-RDF(1)
Вычислить функции радиального распределения

gmx-saltbr(1)
Вычислить солевые мосты

GMX-ориентированный(1)
Анализируйте ориентацию растворителя вокруг растворенных веществ

GMX-Spol(1)
Анализируйте ориентацию диполей растворителя и поляризацию вокруг растворенных веществ

Кинетический свойства
GMX-бар(1)
Рассчитайте оценки разности свободной энергии с помощью коэффициента приемлемости Беннета

GMX-ток(1)
Расчет диэлектрической проницаемости и текущей автокорреляционной функции

GMX-DOS(1)
Анализируйте плотность состояний и свойств на основе этого

GMX-краситель(1)
Извлеките динамику красителя из траекторий

GMX-принципал(1)
Вычислить главные оси инерции для группы атомов

gmx-tcaf(1)
Расчет вязкости жидкостей

GMX-Traj(1)
График x, v, f, прямоугольник, температура и энергия вращения из траекторий

GMX-Vanhove(1)
Вычислить смещения Ван Хова и корреляционные функции

GMX-Velacc(1)
Вычислить функции автокорреляции скорости

электростатический свойства
GMX-ток(1)
Расчет диэлектрической проницаемости и текущей автокорреляционной функции

gmx-диэлектрик(1)
Расчет частотно-зависимых диэлектрических постоянных

gmx-диполи(1)
Вычислить полный диполь плюс флуктуации

gmx-потенциал(1)
Рассчитайте электростатический потенциал на коробке.

GMX-Spol(1)
Анализируйте ориентацию диполей растворителя и поляризацию вокруг растворенных веществ

GMX-Genion(1)
Генерировать одноатомные ионы на энергетически выгодных позициях

Белковый анализ
gmx-do_dssp(1)
Назначьте вторичную структуру и рассчитайте доступную для растворителя площадь поверхности

GMX-CHI(1)
Рассчитайте все, что вы хотите знать о чи и других диэдрах

GMX-спираль(1)
Рассчитать основные свойства альфа-спиралей

gmx-helixориентация(1)
Расчет локального шага / изгиба / вращения / ориентации внутри спиралей

GMX-рама(1)
Вычислить графики Рамачандрана

GMX-колесо(1)
Постройте косозубые колеса

Интерфейсы
gmx-связка(1)
Анализируйте связки осей, например спирали.

gmx-плотность(1)
Рассчитайте плотность системы

gmx-densmap(1)
Расчет двухмерных планарных или аксиально-радиальных карт плотности

GMX-денсордер(1)
Расчет колебаний поверхности

gmx-h2заказать(1)
Вычислить ориентацию молекул воды

GMX-Hydorder(1)
Вычислить параметры тетраэдрическости вокруг данного атома

gmx-порядок(1)
Вычислить параметр порядка на атом для углеродных хвостов

gmx-потенциал(1)
Рассчитайте электростатический потенциал на коробке.

ковариации анализ
GMX-anaeig(1)
Проанализировать собственные векторы

gmx-ковар(1)
Вычислить и диагонализовать ковариационную матрицу

gmx-make_edi(1)
Создавайте входные файлы для существенной динамической выборки

нормальная Режимы
GMX-anaeig(1)
Проанализировать нормальные режимы

GMX-Nmeig(1)
Диагонализируйте гессиан для анализа в нормальном режиме

gmx-nmtraj(1)
Создайте виртуальную колеблющуюся траекторию из собственного вектора

GMX-NMENS(1)
Сгенерируйте ансамбль структур из нормальных мод

gmx-громпп(1)
Создайте файл ввода для запуска

gmx-mdrun(1)
Найдите минимум потенциальной энергии и вычислите гессиан

АВТОРСКИЕ ПРАВА

2015, команда разработчиков GROMACS

Используйте gmx_d в Интернете с помощью сервисов onworks.net