gmx-density - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-density - Рассчитать плотность системы

СИНТАКСИС

плотность gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-эй [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-[Теперь] [-xvg ] [-d ]
[-сл ] [-денс ] [-ng ] [- [нет] центр]
[- [нет] symm] [- [нет] родственник]

ОПИСАНИЕ

GMX плотность вычисляет частичные плотности по всему блоку, используя индексный файл.

Для общей плотности моделирования NPT используйте GMX энергетика .

Опция -центр выполняет биннинг гистограммы относительно центра произвольного
группа в абсолютных координатах блока. Если вы рассчитываете профили по оси Z
размер bZ, вывод будет от -bZ / 2 до bZ / 2, если вы центрируете на основе всей системы.
Обратите внимание, что это поведение изменилось в GROMACS 5.0; более ранние версии просто выполняли
статический биннинг в (0, bZ) и сдвинул вывод. Теперь вычисляем центр для каждого кадра
и bin в (-bZ / 2, bZ / 2).

Опция -симм симметризует вывод относительно центра. Это автоматически включится
-центр тоже. Вариант -родственник выполняет биннинг в относительном, а не в абсолютном поле
координаты, и масштабирует окончательный результат со средним размером окна вдоль вывода
ось. Это можно использовать в сочетании с -центр.

Плотности указаны в кг / м ^ 3, а числовые плотности или плотности электронов также могут быть
рассчитано. Для электронной плотности файл, описывающий количество электронов для каждого
тип атома должен быть указан с использованием -эй. Должно получиться так:

2
имя атома = n электронов
имя атома = n электронов

Первая строка содержит количество строк для чтения из файла. Должен быть один
строка для каждого уникального имени атома в вашей системе. Число электронов для каждого атома равно
модифицированный его атомным частичным зарядом.

ВАЖНЫЕ СООБРАЖЕНИЯ ДЛЯ ДВУСТОРОННИХ СЛОЕЙ

Один из наиболее распространенных сценариев использования - расчет плотности различных групп.
через липидный бислой, обычно с осью z, являющейся нормальным направлением. Для краткости
моделирования, небольших систем и фиксированных размеров ящиков, это будет работать нормально, но для большего
липидные бислои в общем случае могут быть сложными. Первая проблема в том, что пока оба
белки и липиды имеют низкую объемную сжимаемость, липиды имеют довольно большую площадь
сжимаемость. Это означает, что форма коробки (толщина и площадь / липид) будет колебаться.
существенно даже для полностью расслабленной системы. Поскольку GROMACS помещает рамку между
начало координат и положительные координаты, это, в свою очередь, означает, что бислой с центром в коробке
будет немного двигаться вверх / вниз из-за этих колебаний и размазывать ваш профиль. Самый легкий
способ исправить это (если вы хотите сцепление по давлению) - использовать -центр вариант, который
вычисляет профиль плотности относительно центра коробки. Обратите внимание, что вы можете
все еще центрируется на двухслойной части, даже если у вас сложная несимметричная система с
двухслойные и, скажем, мембранные белки - тогда на нашем выходе просто будет больше значений на одном
сторона исходной ссылки (в центре).

Даже центрированный расчет приведет к некоторому размытию выходных профилей, так как
сами липиды сжимаются и расширяются. В большинстве случаев вы, вероятно, захотите этого (поскольку
это соответствует макроскопическим экспериментам), но если вы хотите посмотреть на молекулярные детали
вы можете использовать -родственник возможность попытаться удалить еще больше эффектов громкости
колебания.

Наконец, большие бислои, не подверженные поверхностному натяжению, будут иметь волнообразную форму.
колебания, где в системе образуются «волны». Это фундаментальный
свойство биологической системы, и если вы сравниваете с экспериментами, вы, вероятно,
хотите включить эффект размытия волнистости.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run

-эй [<.dat>] (электрон.дат) (Опционально)
Файл общих данных

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.xvg>] (плотность.xvg)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-d (Z)
Возьмите нормаль к мембране в направлении X, Y или Z.

-сл (50)
Разделите коробку на это количество кусочков.

-денс (масса)
Плотность: масса, число, заряд, электрон

-ng (1)
Количество групп, для которых вычисляется плотность.

- [нет] центр (Нет)
Выполните биннинг относительно центра (изменяющейся) коробки. Полезный для
бислои.

- [нет] symm (Нет)
Симметризуйте плотность по оси относительно центра. Полезный для
бислои.

- [нет] родственник (Нет)
Используйте относительные координаты для изменения полей и масштабирования вывода по средним размерам.

KNOWN ВОПРОСЫ

· При вычислении электронной плотности вместо типов используются имена атомов. Это плохо.

Используйте gmx-density онлайн с помощью сервисов onworks.net