gmx-диполи - онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-диполи - вычислить полный диполь плюс флуктуации

СИНТАКСИС

диполи gmx [-en [<.edr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-eps [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]]
[-d [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]] [-g [<.xvg>]]
[-адип [<.xvg>]] [-dip3d [<.xvg>]] [-потому что [<.xvg>]]
[-cmap [<.xpm>]] [-плитка [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-[Теперь] [-xvg ] [-mu ]
[-макс ] [-псилонРЧ ] [-пропускать ]
[-темп ] [-корректировать ] [- [нет] пар] [- [нет] четырехъядерный]
[-нкос ] [-ось ] [-сл ]
[-гкратом ] [-гкратом2 ] [-rcmax ]
[- [нет] фи] [-уровни ] [-n градусов ]
[-acflen ] [- [нет] нормализовать] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-эндфит ]

ОПИСАНИЕ

GMX диполи вычисляет полный диполь плюс флуктуации системы моделирования. Из этого
вы можете вычислить, например, диэлектрическую проницаемость для сред с низкой диэлектрической проницаемостью. Для молекул с
чистый заряд, чистый заряд вычитается в центре масс молекулы.

Файл Мобщ.xvg содержит полный дипольный момент кадра, компоненты, а также
норма вектора. Файл средний.xvg содержит <| mu | ^ 2> и | | ^ 2 во время
моделирование. Файл дипдист.xvg содержит распределение дипольных моментов за
моделирование Значение -макс используется как наивысшее значение на графике распределения.

Кроме того, функция автокорреляции диполя будет вычислена, когда опция -корректировать is
использовал. Имя выходного файла дается с -c вариант. Корреляционные функции могут быть
усредненное по всем молекулам (моль), построенные для каждой молекулы отдельно (Молсеп) или это может быть
вычисляется по полному дипольному моменту симулятора (общий).

Опция -g строит график зависимого от расстояния G-фактора Кирквуда, а также
средний косинус угла между диполями как функция расстояния. Сценарий
также включает gOO и hOO согласно Nymand & Linse, J. Chem. Phys. 112 (2000) стр.
6386-6395. В тот же график мы также включаем энергию на шкалу, вычисленную путем взятия
внутреннее произведение диполей, деленное на расстояние в третьей степени.

ПРИМЕРЫ

GMX диполи -корректировать моль -P 1 -o дип_скр -mu 2.273 -макс 5.0

Это позволит вычислить автокорреляционную функцию молекулярных диполей с использованием первого
порядок полинома Лежандра угла вектора диполя и сам момент t позже. Для
при этом вычислении будет использован 1001 кадр. Далее диэлектрическая проницаемость будет
рассчитывается с использованием -псилонРЧ бесконечности (по умолчанию), температура 300 K (по умолчанию) и
средний дипольный момент молекулы 2.273 (SPC). Для функции распределения a
будет использоваться максимум 5.0.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Параметры для указания входных файлов:

-en [<.edr>] (энерг.эдр) (Опционально)
Энергетический файл

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг

-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.xvg>] (Мобщ.xvg)
xvgr / xmgr файл

-eps [<.xvg>] (эпсилон.xvg)
xvgr / xmgr файл

-a [<.xvg>] (среднее.xvg)
xvgr / xmgr файл

-d [<.xvg>] (dipdist.xvg)
xvgr / xmgr файл

-c [<.xvg>] (dipcorr.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-g [<.xvg>] (гкр.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-адип [<.xvg>] (adip.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-dip3d [<.xvg>] (dip3d.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-потому что [<.xvg>] (cosaver.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-cmap [<.xpm>] (кмап.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-плитка [<.xvg>] (плита.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-mu (-1)
диполь одиночной молекулы (по Дебаю)

-макс (5)
максимальный диполь в Дебае (для гистограммы)

-псилонРЧ (0)
эпсилон поля реакции, используемого во время моделирования, необходимого для диэлектрической
постоянный расчет. ВНИМАНИЕ: 0.0 означает бесконечность (по умолчанию)

-пропускать (0)
Пропускать шаги в выводе (но не в вычислениях)

-темп (300)
Средняя температура моделирования (необходима для расчета диэлектрической проницаемости)

-корректировать (Нет)
Корреляционная функция для расчета: нет, моль, мольсеп, всего

- [нет] пар (да)
Вычислить | cos (theta) | между всеми парами молекул. Может быть медленным

- [нет] четырехъядерный (Нет)
Учтите квадруполь

-нкос (1)
Должен быть 1 или 2. Определяет, будет ли вычисляется между всеми
молекулы в одной группе или между молекулами в двух разных группах. Это включается
домен -g флаг.

-ось (Z)
Возьмите нормаль вычислительного блока в направлении X, Y или Z.

-сл (10)
Разделите коробку на это количество кусочков.

-гкратом (0)
Используйте n-й атом молекулы (начиная с 1), чтобы вычислить расстояние между
молекулы, а не центр заряда (когда 0) при расчете расстояния
зависимые факторы Кирквуда

-гкратом2 (0)
То же, что и предыдущий вариант в случае ncos = 2, т.е. дипольное взаимодействие между двумя
группы молекул

-rcmax (0)
Максимальное расстояние для использования в распределении ориентации диполя (при ncos == 2). Если
ноль, будет использоваться критерий, основанный на длине блока.

- [нет] фи (Нет)
Постройте `` угол кручения '', определяемый как вращение двух дипольных векторов вокруг
вектор расстояния между двумя молекулами в .xpm файл из -cmap
вариант. По умолчанию отображается косинус угла между диполями.

-уровни (20)
Количество цветов в выводе cmap

-n градусов (90)
Количество подразделений на y- ось в выводе cmap (на 180 градусов)

-acflen (-1)
Длина ACF, по умолчанию - половина количества кадров

- [нет] нормализовать (да)
Нормализовать ACF

-P (0)
Порядок полинома Лежандра для ACF (0 означает отсутствие): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Нет)
Функция подгонки: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit (0)
Время, с которого начинается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции

-эндфит (-1)
Время, когда заканчивается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции, -1 - до тех пор, пока
конец

Используйте gmx-диполи онлайн с помощью сервисов onworks.net