gmx-energy - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-energy - записывает энергию в файлы xvg и отображает средние значения

СИНТАКСИС

gmx энергия [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-виол [<.xvg>]] [-пары [<.xvg>]] [-ора [<.xvg>]]
[-орт [<.xvg>]] [-ода [<.xvg>]] [-одр [<.xvg>]]
[-нечетный [<.xvg>]] [-отэн [<.xvg>]] [-корректировать [<.xvg>]]
[-вис [<.xvg>]] [-равг [<.xvg>]] [-одх [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[Теперь] [-xvg ] [-[без платы]
[-фетемп ] [-нуль ] [- [нет] сумма] [- [нет] дп]
[-nbмин ] [-nbmax ] [- [нет] мутот] [-пропускать ]
[- [нет] средн.] [-нмоль ] [- [нет] exc_props]
[- [нет] дрифткорр] [- [нет] флук] [- [нет] orinst] [- [нет] овец]
[-acflen ] [- [нет] нормализовать] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-эндфит ]

ОПИСАНИЕ

GMX энергетика извлекает компоненты энергии или данные ограничения расстояния из файла энергии. В
пользователю предлагается в интерактивном режиме выбрать желаемые параметры энергии.

Среднее значение, среднеквадратичное отклонение и дрейф рассчитываются с полной точностью на основе моделирования (см.
печатное руководство). Дрейф рассчитывается путем аппроксимации данных методом наименьших квадратов
прямая линия. Сообщаемый общий дрейф - это разница посадки на первом и последнем
точка. Оценка ошибки среднего дается на основе средних значений по 5 блокам.
используя средние значения полной точности. Оценка ошибки может выполняться по нескольким блокам.
длины с вариантами -nbмин и -nbmax. Внимание что в большинстве случаев энергетические файлы
содержит средние значения по всем шагам MD или по гораздо большему количеству точек, чем количество кадров в
энергетический файл. Это делает GMX энергетика вывод статистики более точен, чем .xvg
выход. Если точные средние значения отсутствуют в файле энергии, упомянутые статистические данные
выше просто по отдельным значениям энергии для каждого кадра.

Термин «флуктуация» дает среднеквадратичное отклонение по методу наименьших квадратов.

Некоторые свойства, зависящие от флуктуаций, могут быть рассчитаны при условии правильного определения энергии.
выбраны, и что параметр командной строки -fluct_props дано. Следующий
будут вычислены свойства:

┌─────────────────────────────────┬───────────────── ─────┐
│Объект │ Необходимые энергетические условия │
├─────────────────────────────────┼───────────────── ─────┤
│Тепловая мощность C_p (NPT sims): │ Энтальпия, Температура │
├─────────────────────────────────┼───────────────── ─────┤
│Тепловая мощность C_v (симуляторы NVT): │ Etot, Temp │
├─────────────────────────────────┼───────────────── ─────┤
│Коэфф. Теплового расширения. (NPT): │ Энтальпия, Объем, Температура │
├─────────────────────────────────┼───────────────── ─────┤
│Изотермическая сжимаемость: │ Vol, Temp │
├─────────────────────────────────┼───────────────── ─────┤
│Адиабатический объемный модуль: │ Vol, Temp │
└─────────────────────────────────┴───────────────── ─────┘

Всегда нужно указывать количество молекул -нмоль. Вычисления C_p / C_v делают не
включать любые поправки на квантовые эффекты. Использовать GMX внутри программа, если вам это нужно (и
ты сделаешь).

Когда -виол установлена ​​опция, строятся усредненные по времени нарушения и текущие
пересчитываются усредненная по времени и мгновенная сумма нарушений. Дополнительно работает
усредненные по времени и мгновенные расстояния между выбранными парами могут быть построены с помощью
-пары опцию.

Опции -ора, -орт, -ода, -одр и -нечетный используются для анализа данных ограничения ориентации.
Первые два варианта определяют ориентацию, последние три - отклонения
ориентации от экспериментальных значений. Варианты, заканчивающиеся на "а", отображают
среднее значение с течением времени как функция сдержанности. Параметры, заканчивающиеся на "t", подсказывают
пользователь для ограничения метки номеров и график данных как функция времени. Вариант -одр
отображает среднеквадратичное отклонение как функцию ограничения. При пробеге использовалось время или ансамбль
усредненные ограничения ориентации, опция -или можно использовать для анализа мгновенного,
не усредненные по ансамблю ориентации и отклонения вместо времени и ансамбля
средние.

Опция -отэн строит собственные значения тензора молекулярного порядка для каждой ориентации
сдержанный эксперимент. С опцией -овец также построены собственные векторы.

Опция -одх извлекает и отображает данные о свободной энергии (гамильтоновы разности и / или
Производная гамильтониана dhdl) от энер.эдр .

Доступно -платеж рассчитана оценка разности свободной энергии с идеальным газом
государство:

Дельта A = A (N, V, T) - A_idealgas (N, V, T) = kT ln ( )
Дельта G = G (N, p, T) - G_idealgas (N, p, T) = kT ln ( )

где k - постоянная Больцмана, T определяется как -фетемп и среднее значение по ансамблю
(или время в траектории). Обратите внимание, что это в принципе правильно только при усреднении
по всему ансамблю (Больцмана) и с использованием потенциальной энергии. Это также позволяет
оценка энтропии с использованием:

Дельта S (N, V, T) = S (N, V, T) - S_idealgas (N, V, T) = ( - Дельта A) / T
Дельта S (N, p, T) = S (N, p, T) - S_idealgas (N, p, T) = ( + pV - Дельта G) / T

Если указан второй файл энергии (-f2) вычисляется разность свободной энергии:

dF = -kT ln ( _A),

где E_A и E_B - энергии из первого и второго файлов энергии, а среднее значение
по ансамблю A. Скользящее среднее значение разности свободной энергии распечатывается в виде
файл, указанный -равг. Внимание что энергии должны быть рассчитаны из одного и того же
Траектория.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.edr>] (энерг.эдр)
Энергетический файл

-f2 [<.edr>] (энерг.эдр) (Опционально)
Энергетический файл

-s [<.tpr>] (топол.тпр) (Опционально)
Входной файл Portable xdr run

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.xvg>] (энергия.xvg)
xvgr / xmgr файл

-виол [<.xvg>] (виолавер.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-пары [<.xvg>] (pair.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ора [<.xvg>] (ориента.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-орт [<.xvg>] (ориентация.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ода [<.xvg>] (оридева.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-одр [<.xvg>] (oridevr.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-нечетный [<.xvg>] (oridevt.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-отэн [<.xvg>] (оритен.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-корректировать [<.xvg>] (enecorr.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-вис [<.xvg>] (вязко.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-равг [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-одх [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-[без платы (Нет)
Сделайте оценку свободной энергии

-фетемп (300)
Эталонная температура для расчета свободной энергии

-нуль (0)
Вычтите энергию нулевой точки

- [нет] сумма (Нет)
Суммируйте выбранные параметры энергии, а не отображайте их все

- [нет] дп (Нет)
Энергия печати с высокой точностью

-nbмин (5)
Минимальное количество блоков для оценки ошибки

-nbmax (5)
Максимальное количество блоков для оценки ошибки

- [нет] мутот (Нет)
Вычислите полный дипольный момент из компонентов

-пропускать (0)
Пропускать количество кадров между точками данных

- [нет] средн. (Нет)
Также выведите точное среднее значение и среднеквадратичное значение, хранящееся в кадрах энергии (только если 1 член
запрашивается)

-нмоль (1)
Количество молекул в вашем образце: энергии делятся на это число

- [нет] exc_props (Нет)
Вычислить свойства на основе колебаний энергии, например теплоемкости.

- [нет] дрифткорр (Нет)
Полезно только для расчетов флуктуационных свойств. Дрейф в
наблюдаемые будут вычтены перед вычислением свойств флуктуации.

- [нет] флук (Нет)
Вычислить автокорреляцию флуктуаций энергии, а не саму энергию

- [нет] orinst (Нет)
Анализируйте мгновенные данные ориентации

- [нет] овец (Нет)
Также постройте собственные векторы с помощью -отэн

-acflen (-1)
Длина ACF, по умолчанию - половина количества кадров

- [нет] нормализовать (да)
Нормализовать ACF

-P (0)
Порядок полинома Лежандра для ACF (0 означает отсутствие): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Нет)
Функция подгонки: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit (0)
Время, с которого начинается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции

-эндфит (-1)
Время, когда заканчивается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции, -1 - до тех пор, пока
конец

Используйте gmx-energy онлайн с помощью сервисов onworks.net