gmx-sham - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-sham - вычисляет свободные энергии или другие гистограммы из гистограмм

СИНТАКСИС

gmx подделка [-f [<.xvg>]] [-гэ [<.xvg>]] [-о [<.xvg>]] [-расстояние [<.xvg>]]
[- гисто [<.xvg>]] [-бин [<.ndx>]] [-лп [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-лш [<.xpm>]] [-лсс [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[Теперь] [-xvg ]
[-[нет времени] [-b ] [-e ] [-ттол ]
[-n ] [-[кивок] [- [нет] притворство] [-тшам ]
[-pмин ] [- тусклый ] [-нгрид ]
[-xмин ] [-хмакс ] [-pмакс ]
[-гмакс ] [-эмин ] [-емакс ]
[-уровни ]

ОПИСАНИЕ

GMX фиктивный строит многомерные графики свободной энергии, энтальпии и энтропии. GMX фиктивный читает
один или больше .xvg файлы и анализирует наборы данных. Основное назначение GMX фиктивный состоит в том, чтобы заговорить
Пейзажи свободной энергии Гиббса (опция -ls) Больцманом, обращающим многомерные
гистограммы (опция -лп), но он также может создавать энтальпию (опция -лш) и энтропия (опция
-лсс) сюжеты. Гистограммы могут быть построены для любых количеств, вводимых пользователем. Линия в
входной файл может начинаться с времени (см. опцию -время) и любое количество y-значения могут
следить. Несколько наборов также можно прочитать, если они разделены символом & (опция -n), в этом
случай только один y-значение читается из каждой строки. Все строки, начинающиеся с # и @, являются
пропущено.

Опция -гэ может использоваться для снабжения файла свободными энергиями, когда ансамбль не является
Ансамбль Больцмана, но его нужно смещать из-за этой свободной энергии. Одно значение свободной энергии
требуется для каждой (многомерной) точки данных в -f вход.

Опция -о может использоваться для снабжения файла энергиями. Эти энергии используются как
весовая функция в методе анализа единственной гистограммы Kumar et al. Когда
температуры указаны (как второй столбец в файле), экспериментальное взвешивание
схема прилагается. Кроме того, значения используются для построения графиков энтальпии и энтропии.

С опцией - тусклый, размеры могут быть даны для расстояний. Когда расстояние 2- или
В трехмерном измерении длина окружности или поверхности, измеренная двумя частицами, увеличивается с увеличением
увеличивающееся расстояние. В зависимости от того, что вы хотите показать, можно выбрать исправление
гистограмма и свободная энергия для этого объемного эффекта. Вероятность нормирована на r
и r ^ 2 для размеров 2 и 3 соответственно. Значение -1 используется для обозначения
угол в градусах между двумя векторами: будет применена нормализация sin (угол). Внимание
что для углов между векторами внутреннее произведение или косинус является естественной величиной для
используйте, так как он будет производить бункеры одинакового объема.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.xvg>] (график.xvg)
xvgr / xmgr файл

-гэ [<.xvg>] (гиббс.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-о [<.xvg>] (esham.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Параметры для указания выходных файлов:

-расстояние [<.xvg>] (энер.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

- гисто [<.xvg>] (edist.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-бин [<.ndx>] (bindex.ndx) (Опционально)
Индексный файл

-лп [<.xpm>] (проблема, xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-ls [<.xpm>] (гиббс.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-лш [<.xpm>] (энтальпия.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-лсс [<.xpm>] (энтропия.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap

-ls3 [<.pdb>] (гиббс3.pdb) (Опционально)
Файл банка данных белков

-g [<.log>] (shamlog.log) (Опционально)
Журнальный файл

Другие варианты:

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-[нет времени (да)
Ожидайте время на входе

-b (-1)
Первое чтение из набора

-e (-1)
Последний раз читать из набора

-ттол (0)
Допуск по времени в соответствующих единицах (обычно пс)

-n (1)
Прочтите это количество наборов, разделенных строками, содержащими только амперсанд

-[кивок (Нет)
Используйте производную

- [нет] притворство (да)
Отключите энергетическое взвешивание, даже если энергии даны

-тшам (298.15)
Температура для анализа отдельной гистограммы

-pмин (0)
Минимальная вероятность. Все, что ниже, будет обнулено.

- тусклый (1 1 1)
Размеры для расстояний, используемых для коррекции объема (макс. 3 значения, размеры> 3
получит то же значение, что и последний)

-нгрид (32 32 32)
Количество бункеров для энергетических ландшафтов (максимум 3 значения, размеры> 3 получат
то же значение, что и последний)

-xмин (0 0 0)
Минимум для осей в энергетическом ландшафте (см. Выше для> 3 измерений)

-хмакс (1 1 1)
Максимум для осей в энергетическом ландшафте (см. Выше для> 3 измерений)

-pмакс (0)
Максимальная вероятность на выходе, по умолчанию вычисляется

-гмакс (0)
Максимальная свободная энергия на выходе, по умолчанию рассчитывается

-эмин (0)
Минимальная энтальпия на выходе, по умолчанию вычисляется

-емакс (0)
Максимальная энтальпия на выходе, по умолчанию вычисляется

-уровни (25)
Количество уровней для энергетического ландшафта

Используйте gmx-sham онлайн с помощью сервисов onworks.net