gmx-wham - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-wham - выполнять анализ взвешенной гистограммы после зонтичной выборки

СИНТАКСИС

gmx бам [-ix [<.dat>]] [-если [<.dat>]] [-Это [<.dat>]] [-ip [<.dat>]]
[-является [<.dat>]] [-iiдействовать [<.dat>]] [-вкладка [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-история [<.xvg>]] [-действовать [<.xvg>]]
[-bsres [<.xvg>]] [-бспроф [<.xvg>]] [-xvg ]
[-мин ] [-Максимум ] [- [нет] авто] [-контейнеры ]
[-темп ] [-тол ] [- [нет] v] [-b ]
[-e ] [-дт ] [- [нет] только в прошлом] [- [нет] без границ]
[- [нет] журнал] [-единица измерения ] [-zprof0 ] [- [нет] цикл]
[- [нет] сим] [- [нет] ac] [-acsig ] [-ac-trestart ]
[-nBootstrap ] [-bs-метод ] [-бс-тау ]
[-bs-сид ] [-histbs-блок ] [- [нет] vbs]

ОПИСАНИЕ

GMX бухать это программа анализа, реализующая метод анализа взвешенных гистограмм.
(БАМ). Он предназначен для анализа выходных файлов, созданных при моделировании зонтичной выборки.
для вычисления потенциала средней силы (PMF).

GMX бухать в настоящее время не полностью обновлен. Он поддерживает только настройки вытягивания, если первый
Координаты вытягивания - это координаты вытягивания зонта и, если необходимо несколько координат
быть проанализированы, все использовали одну и ту же геометрию и размеры. В большинстве случаев это не
вопрос.

В настоящее время поддерживаются три режима ввода.

· С опцией -Это, пользователь предоставляет файл, содержащий имена файлов зонтика
входные файлы прогона моделирования (.tpr файлы), И, с опцией -ix, файл, содержащий
имена файлов pullx мдрун выходные файлы. В .tpr и файлы pullx должны быть в
соответствующий порядок, т.е. первый .tpr создал первый пуллкс и т. д.

· То же, что и предыдущий режим ввода, за исключением того, что пользователь предоставляет выходное усилие.
имена файлов (pullf.xvg) с опцией -если. Из тягового усилия положение в
рассчитан потенциал зонтика. Это не работает с табличными зонтичными потенциалами.

· С опцией -ip, пользователь предоставляет имена файлов (сжатых с помощью gzip) .pdo, то есть GROMACS
3.3 выходные файлы зонтика. Если у вас есть необычная координата реакции, вы также можете
создавать свои собственные файлы .pdo и загружать их -ip вариант в GMX бухать,
Заголовок файла .pdo должен иметь следующий вид:

# ЗОНТИК 3.0
# Выбор компонентов: 0 0 1
# nПропустить 1
№ Ref. Группа «ТестАтом»
# Nr. тяговых групп 2
№ Группа 1 «GR1» Умб. Поз. 5.0 Умб. Минусы. 1000.0
№ Группа 2 «GR2» Умб. Поз. 2.0 Умб. Минусы. 500.0
#####

Количество тяговых групп, положения зонтика, силовые константы и названия могут (из
конечно) различаются. После заголовка столбец времени и столбец данных для каждого извлечения.
группа следует (т.е. смещение относительно центра зонта). До четырех
В настоящее время возможны группы pull для файла .pdo.

По умолчанию все группы pull, найденные во всех файлах pullx / pullf, используются в WHAM. Если бы только некоторые
из групп опрашивания следует использовать файл выбора группы опрашивания (опция -является) может быть
предоставлена. Файл выбора должен содержать по одной строке для каждого файла tpr в tpr-files.dat.
Каждая из этих строк должна содержать одну цифру (0 или 1) для каждой группы извлечения в файле tpr.
Здесь 1 указывает, что вытягивающая группа используется в WHAM, а 0 означает, что она опущена. Пример:
Если у вас есть три файла tpr, каждый из которых содержит 4 группы опроса, но только группы 1 и 2
следует использовать, groupsel.dat выглядит так:

1 1 0 0
1 1 0 0
1 1 0 0

По умолчанию выходные файлы

· -o Выходной файл PMF

· -история Файл вывода гистограмм

Всегда проверяйте, достаточно ли перекрываются гистограммы.

Предполагается, что зонтичный потенциал является гармоническим, а силовые постоянные считываются из
.tpr или файлы .pdo. Если была приложена негармоническая зонтичная сила, табличный потенциал может
быть обеспечен -вкладка.

БУМ кредита
· -контейнеры Количество бинов, используемых в анализе

· -темп Температура в симуляциях

· -тол Остановить итерацию, если профиль (вероятность) изменился меньше допуска

· -авто Автоматическое определение границ

· -мин Макс Границы профиля

Точки данных, которые используются для расчета профиля, могут быть ограничены с помощью параметров. -b,
-e и -дт. Отрегулировать -b чтобы обеспечить достаточное уравновешивание в каждом окне зонта.

Для пользователя -журнал (по умолчанию) профиль записывается в единицах энергии, в противном случае (с -лог) как
вероятность. Единицу можно указать с помощью -единица измерения. При выходе энергии энергия в
первая ячейка определяется равной нулю. Если вы хотите, чтобы свободная энергия в другом месте
быть нулевым, установить -zprof0 (полезно при начальной загрузке, см. ниже).

Для циклических или периодических координат реакции (двугранный угол, канал PMF без осмотической
градиент), опция -цикл Полезно. GMX бухать будет использовать периодичность
систему и сгенерируйте периодическую PMF. Первый и последний бины координаты реакции
предполагается, что это будут соседи.

Опция -сим симметризует профиль вокруг z = 0 перед выводом, что может быть полезно для
например, мембраны.

Распараллеливание
Если доступно, количество потоков OpenMP, используемых g_wham, контролируется с помощью -нт.

Автокорреляции
Для пользователя -ac, GMX бухать оценивает интегрированное время автокорреляции (IACT) tau для каждого
окно зонтика и взвешивает соответствующее окно с 1 / [1 + 2 * tau / dt]. IACT
записывается в файл, определенный с помощью -действовать. В подробном режиме все функции автокорреляции
(ACF) записываются в hist_autocorr.xvg. Потому что IACT можно сильно недооценить
в случае ограниченной выборки, опция -acsig позволяет сгладить ИАКТ по
координата реакции с гауссовой шкалой (сигма снабжена -acsigсм. вывод в iact.xvg).
Обратите внимание, что IACT оцениваются простым интегрированием ACF, в то время как ACF
больше 0.05. Если вы предпочитаете вычислять IACT более сложным (но, возможно,
менее надежный), например, подгонка к двойной экспоненте, вы можете вычислить IACT
GMX анализировать и предоставить их GMX бухать с файлом iact-in.dat (вариант -iiдействовать),
который должен содержать одну строку на входной файл (файл .pdo или pullx / f) и один столбец на
тянуть группу в соответствующем файле.

Ошибка анализе
Статистические ошибки можно оценить с помощью бутстрап-анализа. Используйте его осторожно, иначе
статистическая ошибка может быть существенно занижена. Дополнительная информация и примеры
методику бутстрапа можно найти в Hub, de Groot and Van der Spoel, JCTC (2010)
6: 3713-3720. -nBootstrap определяет количество бутстрапов (используйте, например, 100). Четыре
методы начальной загрузки поддерживаются и выбираются с помощью -bs-метод.

· б-гист По умолчанию: полные гистограммы считаются независимыми точками данных, а
бутстрап осуществляется путем присвоения гистограммам случайных весов («байесовский
bootstrap "). Обратите внимание, что каждая точка вдоль координаты реакции должна быть покрыта
несколько независимых гистограмм (например, 10 гистограмм), в противном случае статистическая ошибка
занижены.

· тс Полные гистограммы считаются независимыми точками данных. Для каждого
bootstrap, N гистограмм случайным образом выбираются из N заданных гистограмм (что позволяет
дублирование, т.е. выборка с заменой). Чтобы избежать пропусков без данных вдоль
блоки координат реакции гистограмм (-histbs-блок) можно определить. В этом случае,
данные гистограммы делятся на блоки, и только гистограммы внутри каждого блока
смешанный. Обратите внимание, что гистограммы в каждом блоке должны быть репрезентативными для всех
возможные гистограммы, иначе статистическая погрешность занижена.

· Traj Данные гистограммы используются для генерации новых случайных траекторий, таких что
сгенерированные точки данных распределяются согласно заданным гистограммам и должным образом
автокоррелированный. Время автокорреляции (ACT) для каждого окна должно быть известно, поэтому используйте -ac
или предоставьте АКТ -iiдействовать. Если ACT всех окон идентичен (и известен), вы
может также предоставить им -бс-тау. Обратите внимание, что этот метод может сильно недооценивать
ошибка в случае ограниченной выборки, то есть если отдельные гистограммы не представляют
полное фазовое пространство в соответствующих позициях.

· Traj-Gauss То же, что и метод Traj, но траектории не загружаются из
зонтичные гистограммы, но по гауссианам со средним значением и шириной зонтика
гистограммы. Этот метод дает такие же оценки ошибок, как и метод Traj.

Вывод начальной загрузки:

· -bsres Средний профиль и стандартные отклонения

· -бспроф Все профили начальной загрузки

Для пользователя -vbs (подробный начальный загрузчик), гистограммы каждого начального загрузочного файла записываются, и
метод начальной загрузки Traj, кумулятивные функции распределения гистограмм.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ

Параметры для указания входных файлов:

-ix [<.dat>] (pullx-файлы.dat) (Опционально)
Файл общих данных

-если [<.dat>] (pullf-файлы.dat) (Опционально)
Файл общих данных

-Это [<.dat>] (tpr-файлы.dat) (Опционально)
Файл общих данных

-ip [<.dat>] (pdo-файлы.dat) (Опционально)
Файл общих данных

-является [<.dat>] (groupsel.dat) (Опционально)
Файл общих данных

-iiдействовать [<.dat>] (iact-in.dat) (Опционально)
Файл общих данных

-вкладка [<.dat>] (umb-pot.dat) (Опционально)
Файл общих данных

Параметры для указания выходных файлов:

-o [<.xvg>] (профиль.xvg)
xvgr / xmgr файл

-история [<.xvg>] (гисто.xvg)
xvgr / xmgr файл

-действовать [<.xvg>] (iact.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-bsres [<.xvg>] (bsResult.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-бспроф [<.xvg>] (bsProfs.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

-мин (0)
Минимальная координата в профиле

-Максимум (0)
Максимальная координата в профиле

- [нет] авто (да)
Определять мин. И макс. Автоматически

-контейнеры (200)
Количество бункеров в профиле

-темп (298)
Температура

-тол (1e-06)
Отказоустойчивость

- [нет] v (Нет)
Подробный режим

-b (50)
Первый раз анализировать (пс)

-e (1e + 20)
Последний раз анализировать (пс)

-дт (0)
Анализировать только каждый dt ps

- [нет] только в прошлом (Нет)
Напишите гистограммы и выйдите

- [нет] без границ (Нет)
Определите мин. И макс. И выйдите (с помощью -авто)

- [нет] журнал (да)
Рассчитайте журнал профиля перед печатью

-единица измерения (КДж)
Единицы измерения энергии при выходе бревна: кДж, кКал, кТл

-zprof0 (0)
Задайте для профиля значение 0.0 в этой позиции (с -журнал)

- [нет] цикл (Нет)
Создайте циклический / периодический профиль. Предполагает, что min и max - это одна и та же точка.

- [нет] сим (Нет)
Симметризовать профиль вокруг z = 0

- [нет] ac (Нет)
Рассчитайте интегрированное время автокорреляции и используйте его

-acsig (0)
Плавные времена автокорреляции по координате реакции с гауссовой координатой этой сигмы

-ac-trestart (1)
При вычислении автокорреляционных функций перезапускайте вычисление каждые .. (пс)

-nBootstrap (0)
количество бутстрапов для оценки статистической неопределенности (например, 200)

-bs-метод (б-гист)
Метод начальной загрузки: b-hist, hist, traj, traj-gauss

-бс-тау (0)
Время автокорреляции (ACT) предполагается для всех гистограмм. Вариант использования -ac если ACT
неизвестно.

-bs-сид (-1)
Сид для начальной загрузки. (-1 = время использования)

-histbs-блок (8)
При смешивании гистограмм смешивайте только блоки -histbs-блок.

- [нет] vbs (Нет)
Подробная начальная загрузка. Распечатайте CDF и файл гистограммы для каждой начальной загрузки.

Используйте gmx-wham онлайн с помощью сервисов onworks.net