Это команда gt-eval, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-eval - Сравните файлы аннотаций и покажите показатели точности (прогноз или эталон).
СИНТАКСИС
gt Eval reference_file файл_прогноза
ОПИСАНИЕ
-нук [да | нет]
оценить уровень нуклеотидов (потребление памяти пропорционально размерам входного файла)
(по умолчанию: да)
-лтр [да | нет]
оценивать предсказание ретротранспозона LTR вместо предсказания гена (все
Считается, что элементы LTR_retrotransposon имеют неопределенную цепь) (по умолчанию:
нет)
-ltrдельта [ценностное ]
установить допустимую дельту для границ LTR, которая будет считаться равной (по умолчанию: 20)
-v [да | нет]
быть подробным (по умолчанию: нет)
-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)
-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)
-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)
-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
Программа показывает значения чувствительности и специфичности для определенных типов функций (например,
ген, мРНК и экзон). Для некоторых типов функций количество недостающих и неправильных функций
этот тип также показан. Таким образом, «отсутствует» означает количество функций данного типа из
«ссылка» без наложения на особенность этого типа из «прогноза». Порок
наоборот, «неверно» обозначает количество функций этого типа из «прогноза» без
накладываются на объект этого типа из «ссылки».
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-eval онлайн с помощью сервисов onworks.net
