Это команда gt-fingerprint, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-fingerprint - вычисляет отпечатки MD5 для каждой последовательности, заданной в наборе последовательности.
файлы.
СИНТАКСИС
gt отпечаток пальца [вариант ...] файл_последовательности [...]
ОПИСАНИЕ
-чек [имя файла]
сравнить все отпечатки пальцев, содержащиеся в данном файле контрольного списка, с контрольными суммами в данном
последовательность_файлов. Сравнение считается успешным, если все отпечатки пальцев, указанные в
checkfile можно найти в sequence_file (s) в том же количестве и наоборот
наоборот. (по умолчанию: не определено)
-дупликаты [да | нет]
показать повторяющиеся отпечатки пальцев из заданного файла (-ов) последовательности. (по умолчанию: нет)
-извлекать [string]
извлеките последовательность (-ы) с данным отпечатком пальца из файла (-ов) последовательности и покажите их
на стандартный вывод. (по умолчанию: не определено)
-ширина [ценностное ]
установить ширину вывода для печати последовательности FASTA (0 отключает форматирование) (по умолчанию: 0)
-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)
-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)
-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)
-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
Если ни один из вариантов -чек ни вариант -дупликаты используется, отпечатки пальцев для всех
последовательности показаны на стандартном выводе.
Отпечаток последовательности не чувствителен к регистру. Таким образом, отпечаток MD5 двух одинаковых
последовательности будут такими же, даже если одна замаскирована.
ПРИМЕРЫ
Вычислить (единый) список отпечатков пальцев:
$ gt fingerprint U89959_ests.fas | сортировать | uniq> U89959_ests.checklist_uniq
Сравните отпечатки пальцев:
$ gt fingerprint - проверка U89959_ests.checklist_uniq U89959_ests.fas
950b7715ab6cc030a8c810a0dba2dd33 only in sequence_file(s)
Убедитесь, что файл последовательности не содержит дубликатов (не в данном случае):
$ gt fingerprint - дублирует U89959_ests.fas
950b7715ab6cc030a8c810a0dba2dd33 2
gt fingerprint: ошибка: найдены дубликаты: 1 из 200 (0.500%)
Извлечь последовательность с указанным отпечатком пальца:
$ gt fingerprint -extract 6d3b4b9db4531cda588528f2c69c0a57 U89959_ests.fas
> SQ; 8720010
ТТТТТТТТТТТТTCCTGACAAAACCCCAAGACTCAATTTAATCAATCCTCAAATTTACATGATAC
CAACGTAATGGGAGCTTAAAAAAATA
ВЕРНУТЬ ЦЕННОСТИ:
· 0 все прошло нормально (-чек: сравнение прошло успешно; -дупликаты: Нет
найдены дубликаты)
· 1 произошла ошибка (-чек: сравнение не удалось; -дупликаты:
найдены дубликаты)
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-fingerprint онлайн с помощью сервисов onworks.net
