Это команда gt-ltrharvest, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-ltrharvest - Прогнозирование ретротранспозонов LTR.
СИНТАКСИС
gt луборочный [вариант ...] -индекс
ОПИСАНИЕ
-индекс [string]
укажите имя расширенного индекса массива суффиксов (обязательно) (по умолчанию: undefined)
-ассортимент [Начало конец]
укажите диапазон во входной последовательности (ах), в котором ищутся пары LTR (по умолчанию:
[0..0])
-семена [ценностное ]
укажите минимальную длину семени для точных повторов (по умолчанию: 30)
-минленлтр [ценностное ]
укажите минимальную длину для каждого LTR (по умолчанию: 100)
-maxlenltr [ценностное ]
укажите максимальную длину для каждого LTR (по умолчанию: 1000)
-mindistltr [ценностное ]
указать минимальное расстояние стартовых позиций LTR (по умолчанию: 1000)
-maxdistltr [ценностное ]
указать максимальное расстояние стартовых позиций LTR (по умолчанию: 15000)
-аналогичный [ценностное ]
укажите порог подобия в диапазоне [1..100%] (по умолчанию: 85.000000)
-минцд [ценностное ]
указать минимальную длину для каждого TSD (по умолчанию: 4)
-maxtsd [ценностное ]
укажите максимальную длину для каждого TSD (по умолчанию: 20)
-мотив [string]
укажите начальный мотив 2 нуклеотида + конечный мотив 2 нуклеотида: ** (по умолчанию: не определено)
-мотив [ценностное ]
укажите максимальное количество несовпадений в мотиве [0,3] (по умолчанию: 4)
-вик [ценностное ]
укажите количество нуклеотидов (слева и справа), по которым будет производиться поиск
для TSD и / или мотивов на границе 5 'и 3' предсказанных ретротранспозонов LTR
(по умолчанию: 60)
-перекрытия [...]
указать нет | лучший | все (по умолчанию: лучший)
-xdrop [ценностное ]
укажите xdropbelowscore для выравнивания расширений (по умолчанию: 5)
-мат [ценностное ]
укажите рейтинг совпадений для выравнивания по расширению (по умолчанию: 2)
-мис [ценностное ]
укажите оценку несоответствия для выравнивания по расширению (по умолчанию: -2)
-инс [ценностное ]
укажите результат вставки для выравнивания по расширению (по умолчанию: -3)
-дель [ценностное ]
укажите оценку удалений для выравнивания по расширению (по умолчанию: -3)
-v [да | нет]
подробный режим (по умолчанию: нет)
-по [да | нет]
показывать старый табличный вывод вместо GFF3 на стандартный вывод (по умолчанию: да)
-секиды [да | нет]
использовать описания последовательностей вместо порядковых номеров в выводе GFF3 (по умолчанию: нет)
-мд5 [да | нет]
добавить хеши MD5 к seqid в выводе GFF3 (по умолчанию: нет)
-длительный выход [да | нет]
дополнительный мотив / вывод TSD (по умолчанию: нет)
-вне [string]
укажите FASTA outputfilename (по умолчанию: undefined)
-утнер [string]
укажите FASTA outputfilename для внутренних областей (по умолчанию: undefined)
-gff3 [string]
укажите имя выходного файла GFF3 (по умолчанию: не определено)
-компенсировать [ценностное ]
смещение добавлено к координатам GFF3 (по умолчанию: 0)
-SCAN [да | нет]
сканировать индекс последовательно вместо того, чтобы полностью отображать его в памяти (по умолчанию: да)
-Помощь
отобразить справку по основным параметрам и выйти
-help +
отобразить справку по всем параметрам и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ИНФОРМАЦИЯ
Для получения подробной информации, пожалуйста, обратитесь к руководству ltrharvest.
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-ltrharvest онлайн с помощью сервисов onworks.net
